La Moschea di Malindi è una moschea a Stone Town, Zanzibar, in Tanzania, situata vicino al porto. Risale al 1830 ma è stato possibile costruito sul sito di una moschea antica che potrebbe risalire al XVII secolo o prima. Alcune guide di viaggio affermano un'origine nel XV secolo.

L'attuale moschea fu costruita nel 1834-1835/1250 AH da Muhammad ben Abdulkadir al-Mansaby dalla costa di Benadir in Somalia. Era un ricco mercante a Zanzibar tra il 1820 e il 1840. L'edificio fu ampliato due volte nel 1841 e nel 1890.

Ha alcune caratteristiche architettoniche insolite, tra cui un minareto a forma di cono (uno dei soli tre minareti di questa forma nell'Africa orientale) e una piattaforma quadrata.