All'interno della moschea, verso sud, Maometto creò una zona ombreggiata, chiamata ṣuffa, allineata verso la qibla per poter assolvere l'obbligo della preghiera obbligatoria, dal momento che fino a una certa data l'orientamento era verso Gerusalemme e, quindi, verso nord. Quando la qibla fu cambiata verso la Kaʿba di Mecca, la moschea fu opportunamente riorientata verso sud. Già sette anni dopo la morte di Maometto, la moschea dovette essere raddoppiata per accogliere l'accresciuto numero di nuovi fedeli musulmani.

I successivi governanti continuarono nei secoli l'opera di ampliamento e di abbellimento della moschea. Nel 707, il Califfo omayyade al-Walīd ibn ʿAbd al-Malik (705-715) sostituì la struttura originaria, edificata con materiale assai povero e facilmente deperibile, con una nuova struttura, che incorporò la tomba di Maometto e dei due primi califfi. La moschea era allora di 84×100 metri, con pietre di fondamento e un tetto ligneo sostenuto da colonne di pietra. I muri della moschea furono decorati da mosaici messi in opera da maestranze copte e greche, e simili a quelli che si possono liberamente ammirare nella coeva moschea degli Omayyadi di Damasco (costruita dallo stesso al-Walīd I) e nella moschea della Roccia di Gerusalemme (costruita da ʿAbd al-Malik ibn Marwān). Il cortile antistante la muṣalla era circondato sui quattro lati da logge, con quattro minareti agli angoli. Un miḥrāb sovrastato da una piccola cupola, fu edificato nel muro della qibla.

Il califfo abbaside al-Mahdī (775-785) sostituì la sezione settentrionale della moschea di al-Walīd I tra il 778 e il 781 per consentire un ulteriore ampliamento. Aggiunse anche 20 porte d'accesso alla moschea: otto per la parte orientale e occidentale e 4 per il muro rivolto a settentrione.

Durante il regno del sultano mamelucco Qalāwūn, una cupola fu eretta al di sopra della tomba del Profeta e una fontana per abluzioni fu costruita al di fuori della Bāb al-Salām. Il sultano al-Nasir Muhammad ricostruì il quarto minareto che era andato distrutto qualche tempo prima. Dopo che un fulmine aveva danneggiato gran parte della moschea nel 1481, il sultano Qaytbay riedificò i muri orientale, occidentale e quello della qibla.

I sultani ottomani che ebbero il controllo di Medina dal 1517 (anno della loro vittoria sui mamelucchi) fino al termine della prima guerra mondiale, fecero la loro parte. Il sultano Solimano il Magnifico (1520-1566) ricostruì i muri occidentale e orientale della moschea ed edificò il minareto di nord-est, che sarà conosciuto da allora col nome di al-Sulaymāniyya. Aggiunse un nuovo mihrāb (al-Ahnāf) vicino al mihrāb del Profeta (al-Shāfiʿiyya) e collocò una nuova cupola coperta di lastre di piombo, dipinta di verde, al di sopra dell'abitazione e della tomba di Maometto.

Durante il regno del sultano ottomano Abdul Mejid I (1839-1861), la moschea fu interamente ristrutturata, con la sola eccezione della tomba di Maometto, dei tre mihrāb, del minbar e del minareto al-Sulaymāniyya. L'area sacra fu allargata per includervi la zona per le abluzioni a nord. La sala di preghiera (muṣallā) a sud fu raddoppiata in larghezza e fu coperta da numerose cupolette d'identica misura, salvo per le cupole che coprivano la superficie del mihrāb, la Bāb al-Salām e la tomba di Maometto. Le cupole furono decorate con versetti del Corano e con versi della notissima poesia della Qaṣīdat al-Burda (Poema del Mantello), del poeta arabo del XIII secolo al-Būsīrī. Il muro della qibla fu coperto con tessere vitree che riproducevano con eleganti stili calligrafici versetti coranici. I pavimenti della muṣallā e i cortili furono pavimentati col marmo e pietre rosse, mentre un quinto minareto (al-Majīdiyya), fu eretto a ovest del recinto sacro. Dopo la creazione del regno dell'Arabia Saudita nel 1932, la moschea del Profeta subì massicci (e talora criticati) rifacimenti. Nel 1951 re ʿAbd al-ʿAzīz (1932-1953) ordinò di demolire ciò che circondava la moschea per fare spazio a nuovi settori a est e a ovest della muṣalla, facendo erigere colonne in cemento armato con archi a sesto acuto. Le colonne più antiche furono rinforzate con calcestruzzo e furono fortificate con anelli di rame. I minareti al-Sulaymāniyya e al-Majīdiyya furono sostituiti da due minareti in stile mamelucco. Due ulteriori minareti furono eretti a nord-est e a nord-ovest della moschea. Una biblioteca fu costruita lungo il muro occidentale per ospitare corani storici e altri testi di interesse religioso.

Nel 1973 il re saudita Faysal b. ʿAbd al-ʿAzīz ordinò la costruzione di ripari temporanei per alloggiare a occidente della moschea il crescente numero di operai e artigiani. La vecchia moschea fu circondata da nuove aree idonee alla preghiera, quintuplicando complessivamente gli spazi precedentemente esistenti.

Le ultime modifiche hanno avuto luogo durante il regno di re Fahd e hanno notevolmente incrementato l'ampiezza della moschea, consentendo l'afflusso di un gran numero di devoti e pellegrini, consentendo loro comodità moderne come l'aria condizionata. Fahd fece anche installare 27 cupolette mobili sul tetto della moschea del Profeta.[1]