A detta delle cronache, il primo passaggio sul Canal Grande era costituito da un ponte di barche. Un ponte vero e proprio, poggiante su pali in legno, fu costruito da Nicolò Barattiero sotto il dogado di Sebastiano Ziani o di Orio Mastropiero (seconda metà del XII secolo)[1] ed assunse il nome di "ponte della Moneta", dato che, presso l'estremità orientale dell'opera, sorgeva l'antica zecca. Secondo il Chronicon di Andrea Dandolo, l'evento avvenne nel 1264 sotto il dogato di Renier Zen (1252-1268):

La crescente importanza del mercato di Rialto, sulla sponda orientale del canale, fece aumentare il traffico sul ponte galleggiante. Attorno al 1250, esso fu sostituito da un ponte di legno strutturale. La struttura era costituita da due rampe inclinate, che si congiungevano presso una sezione centrale mobile, la quale poteva essere sollevata per consentire il passaggio delle navi più alte. Data la stretta associazione con il mercato, il ponte cambiò nome e diventò Ponte di Rialto. Nella prima metà del XV secolo, lungo i lati del ponte vennero costruite due file di negozi; i proventi derivanti dagli affitti, riscossi dalla Tesoreria di Stato, contribuivano alla manutenzione del ponte.

Nel 1310 il ponte fu danneggiato nel corso della ritirata dei rivoltosi guidati da Bajamonte Tiepolo. Nel 1444, invece, crollò sotto il peso della grande folla radunata per assistere al passaggio del corteo della sposa del Marchese di Ferrara.

Nel 1503 venne proposta per la prima volta la costruzione di un ponte in pietra. Nei decenni successivi vennero valutati diversi progetti. Il primo progetto venne eseguito nel 1514 da fra' Giovanni Giocondo per il rifacimento del mercato di Rialto. Un altro crollo avvenne nel 1524. Nel 1551 le autorità veneziane indissero un bando per il rifacimento del ponte; venne nominata una commissione di tre provveditori sopra il ponte e le fabbriche di Rialto, costituita da Antonio Cappello, Tommaso Contarini e Vettor Grimani. A partire dal 1554 vennero presentati altri progetti dagli architetti più famosi del tempo, ma solo alla fine del XVI secolo il doge Pasquale Cicogna bandì un concorso. Arrivarono proposte da architetti come Jacopo Sansovino, Andrea Palladio e Giacomo Barozzi da Vignola, ma tutti proposero un approccio classico con molti archi. Di Palladio esistono due proposte:[2] entrambe prevedono la razionalizzazione dell'intera area di Rialto, con due fori commerciali alle teste del ponte. Il concorso venne riproposto nel 1587 e vi parteciparono Vincenzo Scamozzi e Antonio da Ponte: ebbe la meglio il Da Ponte; il suo progetto venne scelto, il 9 giugno 1588, perché propose una sola arcata[3][4].

L'opera venne compiuta nel 1591, con l'aiuto degli architetti Antonio[5] e Tommaso Contin (da Besso, oggi quartiere di Lugano), che erano suoi nipoti, in quanto figli del genero Bernardino Contin.