Di origine fenicia, il geografo arabo al-Idrīsī documenta la presenza delle saline già nel periodo della dominazione normanna in Sicilia. Sotto il regno di Federico di Svevia fu istituito il monopolio di Stato sulla produzione del sale, che si protrasse anche durante la dominazione angioina. Furono in seguito gli aragonesi a sancire il ritorno alla proprietà privata, ma fu sotto la corona spagnola che l'attività di produzione del sale raggiunse la sua acme, trasformando il porto di Trapani nel più importante centro europeo di commercio del prezioso elemento. Le saline da Trapani, con il tempo di estesero fino alle isole dello Stagnone.

Dal 1861 con l'Unità d'Italia queste saline non furono nazionalizzate, e furono le uniche a superare il monopolio del sale da parte dello Stato, esportandolo in diversi paesi.[1] Dopo la prima guerra mondiale con la concorrenza delle saline industrializzate di Cagliari e Santa Margherita in Puglia, iniziò la decadenza delle saline trapanesi, accentuata dallo scoppio della Seconda guerra mondiale e dalla concorrenza, italiana e straniera, del salgemma. Molte delle saline furono dismesse o abbandonate, come i caratteristici mulini a vento.

La ripresa si ebbe con l'istituzione della Riserva, avvenuta con decreto dell'Assessore al territorio e ambiente della Regione siciliana n. 257 dell'11 maggio 1995, ed il suo affidamento in gestione al WWF Italia. È stato emananto un regolamento che ha permesso di "esercitare la salicoltura nelle aree tradizionalmente a ciò destinate e l'attività di acquacoltura di parte delle saline". [2]. Si è quindi assistito ad un nuovo rilancio delle attività produttive e della lavorazione del sale, da parte della Sosalt, che è il principale produttore, con l'approvazione di interventi di restauro e recupero degli impianti abbandonati, cui si sono aggiunti gli altri piccoli produttori. Il sale marino trapanese, inserito nell'elenco dei Prodotti agroalimentari tradizionali siciliani riconosciuti dal Ministero delle politiche agricole, alimentari e forestali, nell'aprile 2011 ha anche ottenuto il riconoscimento dell'IGP con la denominazione "Sale marino di Trapani".[3]

Nel 2011 le saline di Trapani hanno ottenuto l'inserimento nell'elenco delle zone umide Ramsar, con decreto del Ministero dell'ambiente.[4]