La costruzione della moschea iniziò nel 1597. Fu commissionata da Safiye Sultan, moglie del sultano Murad III. Il primo architetto fu Davut Ağa, allievo di Sinan. Alla sua morte nel 1599, Davut Aga fu sostituito da Dalgic Ahmed Cavus.

Il progetto fu ostacolato da difficoltà politiche: problemi finanziari e legati alla sua collocazione crearono dissensi a corte. Il quartiere di Eminönü era il centro commerciale della città e ospitava una consistente comunità ebraica. Collocando in questo luogo la moschea, Safiye Sultan sperava di rafforzare la sfera d'influenza islamica in città, sfruttando il crescente malcontento dei commercianti nei confronti della propria controparte ebraica; questo fatto diede al sultano una giustificazione per la confisca dei terreni su cui poi fu costruito l'edificio sacro. In ogni caso, l'enorme ammontare della spesa sollevò aspre critiche, in particolare da parte dei giannizzeri che da un lato osteggiavano il potere sempre più forte della Valide Sultan, dall'altro ritenevano che la spesa per la moschea fosse eccessiva e superflua. Safiye Sultan fu costretta ad abbandonare il progetto a causa della morte di Mehmed III. Il nuovo sultano Ahmed I non aveva interesse a proseguire il progetto; Safiye Sultan fu rinchiusa nell'harem e la costruzione venne abbandonata.

La prima fondazione venne abbandonata e cadde in rovina, ciò che ne rimaneva fu distrutto da un incendio nel 1660. In seguito, l'architetto imperiale Mustafa Ağa suggerì che la Valide Sultan Turhan Hadice, madre del sultano Mehmed IV, completasse l'opera per devozione. L'edificazione fu conclusa nel 1663 ed inaugurata nel 1665.