1620年代に、ロシア人が彼らの居住地に入植するようになり、ヤクーチアを自国の領土として併合し、毛皮税を賦課するようになる。1634年から1642年の間に数回ヤクートは反乱により抵抗したが、いずれもロシアによって弾圧された。金の発見と、後のシベリア鉄道の建設により、更に多くのロシア人が入植し、1820年代にはほぼすべてのヤクートが正教会に改宗させられた。ただし、ヤクートは今日でも多くのシャーマニスティックな習慣を残している。

1919年、新しく発足したロシア・ソビエト連邦社会主義共和国政府は、この地域をヤクート自治ソビエト社会主義共和国と名付けた。

戦時中の樺太敷香郡敷香町オタスでは、「トナカイ王」と呼ばれたヤクート民族のドミートリー・ヴィノクーロフ がヤクーチア（サハ共和国）の独立に向け、日本の支援を求めた。

1991年8月15日、ヤクート自治共和国の最高会議はヤクート共和国の独立を宣言したが、共和国内の人口に占めるロシア人の割合がヤクートを大きく上回っていたために、実現には至らなかった。