正式名聖母マリア修道院（ポルトガル語表記でMosteirode Santa Maria da Vitória）で知られるバターリャ修道院は、1385年8月14日、バターリャ近郊で行われたアルジュバロータの戦いで、カスティーリャ王国軍をジョアン1世が打ち破ったことを聖母マリアに感謝するために建設が開始された。アルジュバロータの戦いは、1383年からカスティーリャ王国とポルトガルとの間で展開された戦争において、ポルトガルの勝利を決定付けた戦いとして知られ、バターリャとはポルトガル語で「戦闘」を意味する。

修道院は、2世紀にかけて建設された。建設が開始されたのは、1386年であり、1517年にある程度の完成を見せるが、その間に、ポルトガルの国王は、7人が在位したことになる。

修道院の建設には15人の建築家が携わったが、その中でも、6人の建築家の名前（アフォンソ・ドミンゲス、フュゲット、フエルニヤーオ・ド・エヴォラ、マテウス・フェルナンデス、ディエゴ・ボイタック、ジョアン・ド・カスティーリョ）が知られている。また、膨大な人的、物的資源が投入されると同時に、バターリャ修道院の建設を通して、ポルトガルは国内では未知であった建築技術、芸術様式が導入され、独自の発展を遂げた。

最初に1386年より建設に従事した建築家は、アフォンソ・ドミンゲス（pt:Afonso Domingues）である。1402年まで、建築作業を続けたドミンゲスが修道院の計画を立て、多くの建築物を建てた。ドミンゲスの様式は、本質的には、レイヨナン・ゴシック形式であったが、イングランドの14世紀から15世紀に流行した垂直様式の影響も受けている。ヨーク教会堂（en:York Minster）のファサードやカンタベリー大聖堂の身廊や翼廊とバターリャ修道院は多くの類似点を持つ。

1402年から1438年までは、フュゲット（pt:David Huguet）が建設を指示し、バターリャ修道院にフランボワイヤン式を導入した。バターリャ修道院におけるフランボワイヤン式は、メイン・ファザード、参事会室のドーム、創設者の礼拝堂、未完の礼拝堂の基礎構造、修道院の東及び北の身廊に見ることができる。フュゲットは、身廊の高さを32.46mまで伸ばし、均整を保つために、教会の内部を狭く見せようとした。フュゲットは、翼廊を完成させたが、礼拝堂については完成させることなく生涯を終えた。

アフォンソ5世時代の1448年から1477年の間には、ポルトガル人建築家であるフエルニヤーオ・ド・エヴォラが建築作業を続け、アフォンソ5世の回廊を増築した。

マテウス・フェルナンデス（en:Mateus Fernandes）が1480年から1515年の間、建築を指示した。未完の礼拝堂の入口にマヌエル建築を導入した。ディエゴ・ボイタック（pt:Diogo Boitaca）がマテウス・フェルナンデスとともに作業を行ったが、ボイタックは、狭間飾りをかつてドミンゲスが手がけた王の回廊のアーケードに施した。

ジョアン・ド・カスティーリョによって、ジョアン3世時代まで、ルネサンス建築様式がバターリャ修道院に導入されるなど、バターリャ修道院の建築は継続されたが、リスボンのジェロニモス修道院の建設に全力を注ぐジョアン3世の決定によって、建設が中止されることとなった。

その後、バターリャ修道院は、1755年のリスボン大地震によって損害をこうむったが、これよりも多くの被害を受けたのがナポレオン配下の将軍アンドレ・マッセナによる破壊である。ナポレオン支配に対して起きたスペイン独立戦争がイベリア半島で展開された1810年から1811年にかけて、バターリャ修道院は多くの被害を受けた。また、1834年には、ドミニコ修道会がバターリャ修道院の建築物群から追放されると、修道院は放置され、廃墟と化した。

1840年、フェルナンド2世がゴシック建築の傑作であるバターリャ修道院の修復を宣言し、その作業は、20世紀の初めまで続いた。1980年には、修道院は博物館へと転換された。