街には紀元前8世紀に造られたと刻まれている墓が見つかっており、この街の建設もその時期にさかのぼると考えられる。この地域にはターラント湾沿岸の植民市メタポントゥム (Metaponto) （現在のベルナルダ近郊）から移住したギリシャ人が暮らしていた。

10世紀、東ローマ帝国治下のこの地域では、イタリアの修道士たちによって農業が営まれるようになった。

都市の名が最初に記録されるのは1060年である。この街はトリカーリコの大司教アーナルドが治めており、「小さな耕地」を意味する Grachium の名で呼ばれていた。クラーコの地名はこれに由来する。教会による長い統治は、この地域の人々に大きな影響を与えた。

1154年から1168年にかけて、この街の支配はノルマン人と推測されるエルベルト（Erberto）に移った。エルベルトは街の最初の封建領主であった。その後1179年には、Roberto di Pietrapertos がクラーコの領主となっている。1276年には街に大学が設立された。13世紀の間には Attendolo Sforza の指示によって、街のランドマークとなっているクラーコ城が建設されている。

フェデリーコ2世の統治下、クラーコはカヴォーネ川流域とアグリ川流域を結ぶ戦略上の拠点として重視された。1293年にはクラーコ城の塔は監獄として用いられた。15世紀までに、街は4つの大きな館（パラッツォ）を持つようになった。塔の近くの Palazzo Maronna 、聖堂に隣接する Palazzo Grossi 、そして Palazzo Carbone と Palazzo Simonetti である。

街の人口は、450人（1277年）、655人（1477年）、1,718人（1532年）と記録され、1561年には2,590人に達している。1656年には疫病の流行によって数百人の死者が出ている。人口は長い期間を平均すれば、1,500人程度であった。

1799年、ナポリに学んだ Innocenzo De Cesare は、クラーコに帰郷するとブルジョワジーを組織し、パルテノペア共和国をめざす革命運動を起こし、封建的な農業関係を打破するために蜂起した。しかし、反乱は鎮圧された。1815年、十分に広くなった街は、2つの地区に区分された。城と塔のある標高の最も高い地域 Torrevecchia と、サン・ニコラ教会に属する地域 Quarter della Chiesa Madre である。

1860年代半ばのイタリア統一期、この地域での「山賊」の勢力伸長は街を悩ませた。内戦が終わると、環境や地質が町の最大の困難となった。この土地の厳しい農業条件は、十分な生産をもたらさなかったため、1892年から1922年にかけて 1,300 人以上の住民が北米に移住している。

20世紀半ばには、群発地震が街の存続に致命的なダメージを与えた。1959年から1972年にかけて、街の一部は激しく損傷を受け、また地滑りによって居住が不可能と判断された。クラーコの街は、粘土層の上に形成された鮮新世の砂岩の丘の上に築かれており、地質学的な問題は科学者たちには1910年には認識されていた。1963年、丘の上の街の1,800人の住民は、安全のために町を放棄し、全員が谷あいの Craco Peschiera 地区に移住した。その後、自治体の人口は減少し、1,000人を割り込んでいる。