Kašgara attīstījusies tirdzniecības ceļu krustpunktā un kopš seniem laikiem bijusi nozīmīga Zīda ceļa pilsēta. Vēstures avotos pirmoreiz minēta 2. gadsimtā pirms mūsu ēras, kad Haņu dinastijas sūtnis ceļojis pa ziemeļu Zīda ceļu, lai izpētītu zemes rietumos. 76. gadā p.m.ē. Kašgaru, tāpat kā citas Tarimas ieplakas pilsētas, iekaroja rietumu Haņu dinastija. Ptolemajs pieminējis pilsētu kā Kasia Regio, kuras iedzīvotāji bijuši zoroastrisma un budisma piekritēji. 1273. gadā pilsētu apmeklēja Marko Polo, kurš tur redzējis arī kristiešu tempļus.

Vēlākos gados pilsēta nonākusi Kušānu valstī (150), agrīnajā Cjiņu impērijā (384), Eftalītu impērijā (450), Tjurku kaganātā (560), Tanu valstī (635), Tibetas impērijā (754), Karahanīdu hanistē (840), Karahitanu hanistē (1134), Mongoļu impērijā (1218), Čagataju hanistē (1225), Mogulistānā (1306), Timurīdu valstī (1392), Jarkentas hanistē (1524), Džungārijas hanistē (1697) un no 1759. gada Ķīnas Cjinu valstī. Atsevišķos laika posmos pilsēta bijusi pastāvīgu uiguru valstu sastāvā: Kašgārijas emirātā (1867—1878) un pašpasludinātajā Austrumturkestānas Republikā (1933—1934). No 1949. gada Ķīnas Tautas Republikas sastāvā. 1986. gadā valsts valdība pasludināja Kašgaru par «vēsturiski un kulturāli nozīmīgu pilsētu». 1999. gadā savienota ar dzelzceļu un tas ir Ķīnas dzelzceļa vistālākais rietumu atzars.[1] 2010. gadā pilsēta izsludināta par speciālo ekonomisko zonu.