De geschiedenis van de stad is in de periode tussen de 10e en 19e eeuw sterk beïnvloed door de ligging tussen Genève en Chambéry. Oorspronkelijk was Annecy de hoofdstad van het graafschap Genève. Toen de graven van Genève uitstierven (1401), werd Annecy deel van het graafschap Savoye. In 1444 werd Annecy door de hertog van Savoye tot hoofdstad gemaakt van de regio die bestond uit de gebieden Genevois, Faucigny en Beaufortain. Met de opkomst van het calvinisme in 1535 werd Annecy een centrum voor de contrareformatie. De bisschopszetel van Genève werd naar Annecy verplaatst. Deze bisschopszetel werd in 1801 opgeheven, maar in 1822 weer hersteld.

Tijdens de Franse Revolutie werd Savoye door Frankrijk veroverd. Annecy werd deel van het departement Mont-Blanc dat als hoofdstad Chambéry had. Na de nederlaag van Napoleon kwam Annecy weer in handen van het huis Savoye, maar in 1860 werd Savoye door Frankrijk geannexeerd. Annecy werd hoofdstad van het nieuwe departement Haute-Savoie.

In Annecy werd in 1949 de tweede ronde van de GATT-besprekingen gehouden.

In de ochtend van 8 juni 2023 vond er in de Franse stad Annecy een mesaanval plaats in een speeltuin nabij het Meer van Annecy, waarbij zes mensen, waaronder vier kinderen, zwaargewond raakten. Eén van de zwaargewonde slachtoffertjes heeft de Nederlandse nationaliteit. De dader, een Syrische vluchteling genaamd Abdalmasih H., werd gearresteerd. Hoewel er tijdens de aanval religieuze uitspraken werden gedaan, heeft de procureur geoordeeld dat het geen terreurdaad betreft.[1]