De basiliek is gebouwd op de resten van een romaanse kerk uit de 12e en 13e eeuw gebouwd door de koningen van Navarra, en uitgebreid in gotische stijl tussen 1522 en 1560 onder het huis Habsburg. In 1688 ontploft er een kruithuis in het kasteel van La Mota, net achter de kerk, die het gebouw ernstig beschadigt. De herstelwerkzaamheden zijn begonnen in 1743 en afgerond in 1771.

Op 31 augustus 1813, tijdens het beleg van San Sebastian in de Spaanse Onafhankelijkheidsoorlog branden Britse en Portugese troepen de stad af, maar de basiliek en de bebouwing rond wat nu de Calle del 31 de agosto heet en waar de troepen gelegerd waren, blijven gespaard.

Op 12 februari 1973 is de kerk tot basilica minor gewijd.