In het gebied om Füssen zijn sporen van nederzettingen uit het Paleolithicum gevonden. Voordat de Romeinen er in 15 v.Chr. kwamen, woonden er Keltische stammen. De Romeinen trokken het gebied bij de provincie Rethië, waar de Via Claudia Augusta doorheen liep. Op de huidige Schlossberg bouwden zij een castellum ter verdediging tegen aanvallen van de Alemannen die desondanks kort daarop het gebied innamen. De moderne stad is ontstaan uit een 8e-eeuws klooster van de heilige Magnus, in de volksmond St. Mang genoemd. Tegen het eind van de 12e eeuw kreeg Füssen stadsrechten en vanaf 1313 hoorde het bij het bisdom Augsburg. In 1802 kwam de stad toe aan Beieren; in 1921 werd de aangrenzende gemeente Faulenbach met Füssen verenigd.