18e-eeuwse maquette van Neuf-Brisach

In de 17e eeuw was het gebruikelijk versterkte steden en forten langs de grenzen te hebben die als verdedigingswerken konden worden gebruikt indien de vijand binnenviel. Breisach was zo'n stad, echter bij de Vrede van Rijswijk werd Frankrijk verplicht Breisach aan Oostenrijk af te staan waardoor er een 'gat' in de verdediging kwam te zitten. Lodewijk XIV gaf daarom aan Vauban de opdracht een nieuwe vestiging te bouwen die het verlies van Breisach zou kunnen opvangen. Toen die nieuwe vesting, Neuf-Brisach (Nieuw Breisach), in de periode tussen 1699 en 1703 werd opgericht gold het als een van de grootste militaire versterkingswerken. In 1736 werd er aan het dorp een kerk toegevoegd en in 1758 ook een raadhuis, nadat het oude voorlopige gebouw afgebroken werd.

De stad weerstond een Oostenrijkse aanval in het jaar 1743. Tijdens de Frans-Pruisische oorlog in 1870 belegerden de Duitsers Neuf-Brisach, dat destijds zo'n 5500 soldaten huisvestte. Uiteindelijk werd het ingenomen en verwoest. Na de heropbouw speelde het geen belangrijke militaire rol meer.

Door de vestingwal, die vandaag de dag nog steeds compleet is (op een kleine opening voor een spoorlijn na), heeft de stad zich economisch nooit helemaal kunnen manifesteren. Neuf-Brisach is thans de hoofdplaats van een kanton met zowat 15.000 inwoners. Toch liggen de economische en dienstencentra, vanwege de eerder genoemde reden, in naburige dorpen zoals Biesheim en Volgelsheim. De laatste jaren trekt Neuf-Brisach wat toeristen aan, dit echter niet massaal.

Na de ontbinding van het plaatselijk garnizoen in 1992 is Neuf-Brisach vooral een woonstad van pendelaars geworden, die in Colmar of Duitsland werken. Neuf-Brisach en het Duitse Breisach, dat aan de overkant van de Rijn gelegen is, worden sedert 1961 door een brug met elkaar verbonden. Sinds 2000 hebben beide gemeenten ook een stedenband.