Pałac w Baku zaczął wznosić w 1411 szach Ibrahim I, a prace kontynuował jego syn, szach Chalilulah I (1417–1462) (który był żonaty z prawnuczką Tamerlana) oraz jego następca szach Farruch Jasar (1462–1501)[1]. Pałac, który usytuowano w najwyższej części ówczesnego miasta, był główną siedzibą władców Szyrwanu (dzisiejszego zachodniego Azerbejdżanu). W 1501 wojska perskiego szacha Isma'ila I z dynastii Safawidów podbiły Baku; zburzono wówczas budynek mieszkalny pałacu a do Tebrizu wywieziono bibliotekę i skarbiec pałacowy. W 1514 w bitwie na równinie Czałdyran szach Isma'il I poniósł klęskę w starciu z osmańskim sułtanem Selimem I. Efektem tego było zajęcie Tebrizu przez sułtana, a zagrabione wcześniej skarby z pałacu w Baku zostały przewiezione do Stambułu. Były wśród nich m.in. zbroje szachów Szyrwanu Kej-Gubada, Chalilullaha i Farrucha Jasara, które obecnie znajdują się w Muzeum Wojskowości w Stambule. W XIX wieku planowano na miejscu kompleksu pałacowego wybudować sobór Aleksandra Newskiego, ale nie znaleziono miejsca zastępczego dla stacjonującego tam wojska i fakt ten uratował budowle pałacowe przed całkowitym zniszczeniem[2].

Rozporządzeniem Rady Ministrów Azerbejdżańskiej SRR z 23 kwietnia 1957 kompleks pałacowy został uznany za rezerwat, a 3 stycznia 1964 utworzono w nim muzeum. Decyzją Ministra Kultury Republiki Azerbejdżanu z 8 lutego 1994 „Kompleks pałacowy szachów Szyrwanu” został określony jako najważniejsze muzeum w kraju. Znajduje się w nim 4600 obiektów archeologicznych, 2019 numizmatycznych, 4284 zdjęcia i 1562 rękopisy. Liczbę 15 mln odwiedzających muzeum osiągnęło w maju 2009, w przededniu rocznicy 45-lecia swej historii. Muzeum czynne jest codziennie w godz. 10-18[3]. Obiekt był rekonstruowany w latach 2001–2002 w ramach Projektu Wspierania Dziedzictwa Kulturowego Azerbejdżanu (1999–2010) z funduszy Banku Światowego[4].