O sítio arqueológico de Priniáticos Pírgos, situado 12 km a sul da cidade, apresenta vestígios de ocupação que remontam 5º milénio a.C. (neolítico final) e vão até ao período bizantino, no final do 1º milénio d.C.[1]

O local onde se encontra a cidade foi povoado na Idade do Bronze Final por ocupantes dóricos de Lato, a cidade-fortaleza, situada nas colinas, cerca de 8 km a ocidente de Ágios Nikolaos. Tal aconteceu numa altura em que os habitantes de Lato se sentiram mais seguros contra os ataques vindos pelo mar que até aí os assolavam e a facilidade de acesso ao porto se tornou mais importante.[2] A cidade portuária foi chamada Lato pros Camára ou simplesmente Cámara (em grego clássico: Καμάρα), que significa "Lato dos Arcos", o que se supõe ser uma referência a algum tipo de estrutura com arcos (camares em grego).[3] Algumas obras identificam Lato pros Camára com Lato Etera, mas aparentemente a generalidade das fontes académicas usam o último topónimo com designação alternativa da cidade dórica do interior, Lato.[nt 1]

Lato pros Camára é descrita por Ptolomeu como situando-se a leste de Olunte (Ptol. 3.17.5), a 15 estádios (pouco mais de 2,5 km) segundo o Itinerário Marítimo. Xenion, um historiador cretense citado por Estêvão de Bizâncio, diz que a cidade chegou a chamar-se Lato,[4] contudo os académicos modernos distinguem a cidade portuária da cidade do interior e apontam Camára como o porto de Lato.[2] Lato pros Camára tinha uma acrópole dupla e escarpada, uma ágora e um pritaneu, ao qual se acedia por uma escadaria e junto ao qual existia um templo e outros edifícios públicos.[5] A cidade continuou a existir muito depois de Lato ter sido abandonada c. 200 a.C.[2] Porém, durante o período romano declinou acentuadamente e aparentemente já não existia no período bizantino.[6]

Os venezianos, que controlaram Creta entre os séculos XIII e XVII, chamaram à vila Porto di San Niccolò devido à capela existente na península ocidental. No século XIII construíram uma fortaleza na colina mais alta da costa para proteger tráfico marítimos, a que chamaram Castel Mirabello e que deu o nome à baía. A fortaleza sofreu grandes estragos em 1303 devido a um sismo e em 1537 foi incendiada pelos turcos, sendo depois reconstruída. Em 1645 foi rendida aos turcos pelo seu comandante, mas os venezianos retomaram-na e destríram-na completamente.[3] Atualmente nada resta dela.[6]

O local voltou a ganhar alguma vida no século XIX, quando o seu porto voltou a estar ativo,[6] apesar das infraestruturas normalmente associadas a um verdadeiro porto só terem sido construídas em 1965. Quando Ágios Nikolaos foi escolhida como capital da província de Lasíti em 1905, no anfiteatro natural em volta do lado, o atual centro da cidade, viviam apenas 95 pessoas.[7] A seguir à integração de Creta na Grécia em 1913, o estatuto de Ágios Nikolaos como capital do oriente de Creta foi confirmado.[6]

Nos anos 1980, a cidade tinha-se tornado uma estância que atraía muitos turistas desordeiros e que procuravam sobretudo o divertimento desregrado com muito alcóol à mistura. Uma campanha do prefeito de então orientou o turismo para gente mais calma e civilizada, o que fez com que os jovens que procuravam esse tipo de férias passasse a preferir Mália e Ágios Nikolaos orientasse a sua oferta turística sobretudo para turismo de gama mais alta.[7]

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