No arranque das obras do Mosteiro da Batalha foi construído um pequeno templo, cujos vestígios eram ainda visíveis no princípio do século XIX. Era nesta edificação ― Santa Maria-a-Velha, também conhecida por Igreja Velha ― que se celebrava missa, dando apoio aos operários do estaleiro. Tratava-se de uma obra pobre, feita com escassos recursos.

Em traços esquemáticos conhece-se a evolução do estaleiro propriamente dito e o grau de avanço das obras. Sabe-se que ao projecto inicial corresponde a igreja, o claustro e as dependências monásticas inerentes, como a Sala do Capítulo, sacristia, refeitório e anexos. É um modelo que se assemelha ao adoptado, em termos de orgânica interna, pelo grande mosteiro alcobacense.

A capela do Fundador, capela funerária, foi acrescentada a este projecto inicial pelo próprio rei D. João I, o mesmo acontecendo com a rotunda funerária conhecida por Capelas Imperfeitas, da iniciativa do rei D. Duarte.

O claustro menor e dependências adjacentes, ficaria a dever-se à iniciativa do rei D. Afonso V, sendo de notar o desinteresse de D. João II pela edificação. Voltaria a receber os favores reais com D. Manuel I, mas somente até 1516 ou 1517, ou seja, até à sua decisão em favorecer decididamente a fábrica do Mosteiro dos Jerónimos.

O Mosteiro foi restaurado no século XIX, sob a direcção de Luís Mouzinho de Albuquerque, de acordo com a traça de Thomas Pitt, viajante inglês que estivera em Portugal nos fins do século XVIII, e que dera a conhecer por toda a Europa o mosteiro através das suas gravuras. Neste restauro, o Mosteiro sofreu transformações mais ou menos profundas, designadamente pela destruição de dois claustros, junto das Capelas Imperfeitas e, num quadro de extinção das ordens religiosas em Portugal, pela remoção total dos símbolos religiosos, procurando tornar o Mosteiro num símbolo glorioso da Dinastia de Avis e, sobretudo, da sua primeira geração (a dita Ínclita Geração de Camões). Data dessa altura a actual configuração da Capela do Fundador e a vulgarização do termo Mosteiro da Batalha (celebrando Aljubarrota) em detrimento de Santa Maria da Vitória, numa tentativa de erradicar definitivamente as designações que lembrassem o passado religioso do edifício.

Em 2016,[1] o Mosteiro de Santa Maria da Vitória, na Batalha, passou a ter o estatuto de Panteão Nacional, sem prejuízo da prática do culto religioso, juntamente com o Mosteiro dos Jerónimos (Lisboa) à semelhança do que aconteceu em 2003 com o Mosteiro de Santa Cruz (Coimbra) relativamente ao Panteão Nacional original desde 1966 na Igreja de Santa Engrácia (Lisboa).

No Mosteiro da Batalha estão sepultados o rei D. João I, a rainha D. Filipa de Lencastre, e alguns dos seus filhos (o infante D. Henrique, o infante D. João, a infanta D. Isabel e o infante D. Fernando), tal como três outros reis (D. Afonso V, D. João II, D. Duarte) e o Soldado Desconhecido.[2]