Localizado na base das Montanhas de Akaishi, o spa utiliza a água quente diretamente das fontes de Hakuho. O onsen foi fundado por Fujiwara Mahito, filho de um assessor do Imperador Tenji, 38º Imperador do Japão.[1][2] As nascentes se tornaram populares e atraíram banhistas de diversas partes do Japão.[3] Dentre os clientes, podemos citar Takeda Shingen, Tokugawa Ieyasu,[4] e Naruhito, atual imperador japonês.[5]

O onsen foi desenvolvido ao longo de sua existência, com piscinas mais rudimentares em cavernas sendo substituídas por banheiras mais acabados em cabanas de madeira, que posteriormente foram substituídas e refinadas ao longo dos séculos. Em 1997, Keiunkan passou por sua reforma mais drástica, quando foram criados quartos mais detalhados e o empreendimento se tornou um ryokan (tipo de hospedagem japonês) que oferecia quartos mais privativos com futons e pensões.[5] Em 2005, foram adicionados termais em todos os quartos.[4]

Até 2017, o hotel foi operado por 52 gerações da mesma família (incluindo herdeiros adotivos) por mais de 1.300 anos continuamente.[6] Em 2017, nenhum membro da família se dispôs a assumir o onsen, então o gerente geral Kenjiro Kawano foi escolhido como novo presidente. Como Kawano não possui nenhum grau de parentesco com o dono, não pôde herdar o holding Yushima. A propriedade da Keiunkan foi então transferida para uma nova holding, Nishiyama Onsen Keiunkan Limited, dissolvendo a anterior.[5]