O franciscano frei Juan de Santa Gertrudes, na sua crônica de viagem entre 1756 - 1762 ao sul do Reino de Nova Granada, publicado em quatro volumes sob o título "Maravilhas da natureza", menciona o santuário no Livro III,[1] sendo possivelmente a referência mais antiga de sua existência.

Monsenhor Justino Mejia y Mejia, capelão (sacerdote responsável pelos ofícios religiosos de uma capela) do santuário entre 1944 a 1977, e historiador. Em seus escritos se refere a uma história atualmente aceita, conta que por volta de 1754 a imagem da Virgem do Rosário foi descoberta por uma indígena chamada María Mueses com Rosa, sua filha, quando se dirigiam a sua casa; ao verem-se surpreendidas por uma tormenta, María e sua filha buscaram refúgio na beira da estrada entre as cavidades formadas pelas pedras planas e imensas lajes naturais que caracterizam essa zona do cânion do rio. Para surpresa da mãe, a criança que até aquele momento era considerada surda-muda chama sua atenção falando: "Mamãe, a mestiça me chama..." mostrando a pintura certamente iluminada de forma sugestiva pelos relâmpagos.[2]

Depois de que as autoridades e os habitantes da região comprovaram a veracidade dos fatos, que foram classificados como prodígio pelas autoridades eclesiásticas em 15 de setembro de 1754, o lugar foi convertido numa referência para toda a comarca incluindo o norte do Equador.[3]

No mesmo lugar da aparição, alguns anos mais tarde, foi realizada a primeira missa e se iniciou a construção de uma capela de palha. Desde então, houve três construções correspondentes a épocas diferentes. Em maio de 1794 começa a ser construído o primeiro templo a base de cimento e tijolo sob a supervisão do então pároco de Ipiales, Eusebio Mejia y Navarro. Em 1862, o sacerdote José Maria Burbano inaugurou um capela maior e em agosto de 1899, o Frei Ezequiel Moreno Diaz, Bispo de Pasto manifestou sua aspiração de construir um templo de tamanho ideal para abrigar a população.[4]