A redução de São João Batista foi fundada em 1697, a partir da divisão do povoado de São Miguel Arcanjo, em função do crescimento populacional e das dificuldades de abastecimento.

Seu fundador foi o padre Antonio Sepp, um polímata que dominava a música, arquitetura, urbanismo, relojoaria, pintura e escultura. Foi seguido por 2.832 pessoas oriundas da redução de São Miguel. Os trabalhos na igreja iniciaram em 1708, quando já havia 3.400 pessoas habitando o aldeamento. Sob orientação de Sepp esta redução mostrou alto nível de atividade cultural.

Sepp também foi um geólogo e minerador, sendo o pioneiro nos trabalhos de metalurgia nas Missões. Extraia o ferro, utilizado na fabricação dos sinos, aquecendo a pedra itacurú que era abundante na região. Sua obra-prima foi o relógio instalado no campanário da igreja que, ao dar as horas, fazia desfilar pelo mostrador os 12 Apóstolos.