A mesquita foi fundada em 989 pelo juiz do Tombuctu, Alcaide Acibe ibne Maomé ibne Omar. Construiu o pátio interno da mesquita com as mesmas dimensões da Caaba em Meca. Tempos depois, uma rica dama mandinga financiou a Universidade de Sancoré e ajudou a torná-la no principal centro de educação. A universidade prosperou e tornou-se sede muito significativa de aprendizado no mundo islâmico, sobretudo sob o mansa Muça I (r. 1307–1332) e sob a dinastia de Ásquia (r. 1493–1581).[1] Foi nesse período que a universidade ganhou grande notoriedade por todo o mundo islâmico, atraindo intelectuais de toda a África e Oriente Médio para o Reino do Mali para estudar e produzir sobre a cultura e religião islâmica no centro. [2]