В III в. н. э. нынешняя Керала была частью дравидской державы Кералапутра. На греко-римской карте «Periplus Maris Erythraei» эта страна именуется «Celobotra». В IX—XII веках Кералапутрой правила династия Кулашекхара.

Путешествие Васко да Гамы в этот регион в 1498 году было во многом мотивировано тем, что Португалии требовалось вывести торговлю специями, выращенными в Керале, из-под контроля арабов. Васко да Гама основал первую португальскую крепость в Индии, в Кочине, в 1503 году, воспользовавшись конфликтом между правящими семьями Кочина и Каликута, тем самым положив конец арабской монополии. Тем не менее, впоследствии данный конфликт также способствовал появлению в регионе голландцев, которые изгнали португальцев из их фортов.

На протяжении многих веков в Керале доминировала каста упорных и воинственных наиров (найяров)[1]. В битве при Кулачеле (1741 год) голландцы были разгромлены наирами из Траванкора, которыми командовал их правитель Мартханда Варма.

 

Голландский командующий Эсташ де Ланнуа (De Lannoy) сдаётся Мартханде Варме в битве при Колачеле

Во второй половине XVIII века на территории всей Южной Индии развернулись события Майсурских войн, которые вели против британцев майсурский правитель Хайдер Али и его сын и преемник Типу Султан. В 1792 году Типу Султан принуждён был уступить британцам округ Малабар (северная половина современной Кералы). Британцы заключили также договоры с правителями Кочина (1791 год) и Траванкора (1795 год) об их присоединении к Британской Индии в обмен на автономию. Малабар же стал частью Мадрасского президентства. Во время британского правления на территории Кералы нередки были протесты и организованные восстания.

 — повествует о превратностях наирской судьбы Гуру Балачандран Наир (Guru Balachandran Nair), глава Наирского ашрама штата Керала (2011 г.).

В период британского правления в Керале не раз случались и весьма серьёзные конфликты местных мусульман и индусов.

В 1935—1936 годах в Керале проповедовал православие Нафанаил (Львов), будущий епископ Русской православной церкви заграницей.

После провозглашения независимости Индии в 1947 году княжества Траванкор и Кочин были 1 июля 1949 года объединены в штат Траванкор-Кочин. Президентство Мадрас стало индийским штатом Мадрас. Штат Керала был создан 1 ноября 1956 года путём соединения Малабарского берега штата Мадрас, штата Траванкор-Кочин и талука Касаргод округа Дакшина-Каннада.

В июле 2011 года в индусском храме Шри-Падмана (недавно переданном на государственный баланс) была открыта сокровищница раджей Траванкора.