Слово kuzguncuk означает «маленький ворон» или «зарешеченное окно тюремной двери» на турецком языке. Говорят, что это имя произошло от святого человека по имени Кузгун Баба, который жил в этом районе во времена султана Мехмеда II[1], или от искажения предыдущего имени Козиница[2].

В византийские времена этот район, возможно, назывался Хрисокерамос (Hrisokeramos), что означает «золотая черепица», из-за находившейся здесь церкви с позолоченной крышей[3]. Около 553 года Нарсес построил здесь церковь, посвященную Деве Марии[4].

Евреи, изгнанные из Испании и Португалии, начали селиться в Османской империи в конце XV века. Как добровольные иммигранты, они имели больше свободы в отношении своего места жительства, и многие уехали из традиционных еврейских кварталов Стамбула, таких как Балат, в деревни вдоль Босфора, такие как Кузгунджук. Самым ранним свидетельством присутствия евреев в этом районе является надгробная плита, датированная 1562 годом[5].

Армяне начали селиться в Кузгунджуке в XVIII веке и к XIX веку стали значительной группой. Османские записи показывают просьбу 1834 года о том, чтобы их ночные религиозные службы могли продолжаться без помех. В 1835 году была построена их первая церковь[6].

Во второй половине 19 века значительное влияние на перевозки в Кузгунджук оказали переправы компании «Хайрие». Пристань, построенная после пожара, вспыхнувшего в 1865-1866 гг. и причинившего большой ущерб Кузгунджуку, облегчала морские перевозки.

Кузгунджук, который в основном представлял собой немусульманское поселение, не был районом, предпочитаемым мусульманами. С другой стороны, участок порта Окюз (Пашалиманы), расположенный рядом с ним, с его мечетью, фонтаном, причалом для лодок и садами, был населен только турками.

После создания Израиля еврейское население, когда-то значительное в Кузгунджуке, быстро сократилось.

Погром 1955 года вызвал эмиграцию многих представителей стамбульских меньшинств, в том числе греков и армян Кузгунджука. Сегодня там осталось очень мало немусульман. Этот исход открыл иммигрантам из Анатолии дешевое жилье, изменив этнический состав районов Стамбула. Большинство новых жителей Кузгунджука прибыли из Черноморского региона[7].  К концу 20-го века 15% жителей района были из Инеболу, 15% из Ризе, 10% из Трабзона, 10% из Токата, 10% из Карса и 10% из Сиваса[8].

Полицейский участок в Кузгунджуке был перемещен в связи с низкой статистикой преступности.