Ла-Рошель была основана в X веке. В XII и XIII веке была важным городом в сети ордена тамплиеров, которые построили в ней большой порт. По сегодняшний день в Ла-Рошели существует rue des Templiers, улица тамплиеров. До XV века город оставался самым крупным портом Франции на атлантическом побережье. Торговля велась прежде всего вином и солью.

В эпоху Возрождения Ла-Рошель открыто приняла идеи Реформации и с 1568 года стала центром гугенотов, что подарило городу непродолжительный период процветания и мира. В 1622 году герцог де Гиз уничтожил флот Ла-Рошели, находившийся под командованием Жана Гитона.

10 сентября 1627 года произошла пушечная дуэль между защитниками Ла-Рошели и королевскими войсками, что послужило поводом для короля Людовика XIII начать осаду Ла-Рошели, которая закончилась её взятием в 1628 году, а также новым преследованием гугенотов, высшей точкой которого явилась отмена Нантского эдикта Людовиком XIV. Многие гугеноты бежали из страны и основали в 1689 году в Северной Америке город Нувель Рошель (Новая Ла-Рошель). В эпоху колониализма Ла-Рошель играла важную роль в торговле между Африкой, Северной Америкой и Европой.

Во время Второй мировой войны немцы построили около Ла-Рошели бункер для подводных лодок, сохранившийся до сегодняшних дней. Из-за сильного сопротивления захватчиков Ла-Рошель стала одним из последних освобождённых городов Франции. Немецкий комендант сдался лишь в полночь 8 мая 1945 года.