С падением Римской империи мавзолей пришёл в упадок, а в VIII веке был разграблен. В XII веке сооружение было превращено в крепость, которой владел род Колонна. В 1241 году по приказу папы Григория IX крепость подверглась разрушению. На развалинах устроен городской сад. В XVI-XVII вв. семейство Содерини устроило на развалинах мавзолея висячие сады, украшенные статуями, а во внутренних помещениях хранило коллекцию римских древностей. C XVIII века остатки мавзолея использовались как площадка для разных публичных представлений и выставок.

В 1907 году муниципалитет Рима выкупил здание у частных владельцев. Спустя год здесь открылся концертный зал под названием Auditorium Augusteo, работавший до 1936 года[1].

В 1926 году были проведены археологические раскопки, а остатки сооружения отреставрировали.

В 1938 году рядом с мавзолеем был установлен другой памятник, связанный с именем Августа — Алтарь Мира, элементы которого были извлечены при раскопках на Корсо.

4 марта 2016 года комиссар-префект города Франческо Паоло Тронка утвердил проект по выделению 6 млн евро на предварительные работы по восстановлению памятника[2]. Финальная стоимость реставрационных работ составила 11 млн евро. Одним из спонсоров выступил фонд телекоммуникационной группы TIM.

В 2021 году мавзолей открылся для посетителей, а окончательно завершить реставрационные работы, в том числе, в комнате с гробницей Августа, планировалось в 2022 году[3].