Нюхавн был построен по указу короля Кристиана V в период с 1670 по 1673 года шведскими военнопленными Датско-шведской войны (1658—1660). Канал соединяет море и старый город (Королевскую площадь), одну из главных торговых площадей перед королевским дворцом, куда свозился груз и улов. Площадь была известна пивом, моряками и распространением проституции. Датский писатель Ганс Кристиан Андерсен прожил в районе Нюхавн около 18 лет.

Первый мост через Нюхавн был открыт 6 февраля 1875 года. Это был временный деревянный пешеходный мост[1]. В 1912 году его заменили на новый мост, который стоит и по сей день[2].

По мере того как океанские суда выросли в размере, Нюхавн стал использоваться для внутренних грузовых перевозок на небольших кораблях. После Второй мировой войны внутренние грузовые перевозки стали выполняться наземным транспортом, движение малых судов пропало из порта Копенгагена и канала Нюхаван.

В середине 1960-х было создано сообщество Нюхавна, с целью возродить жизнь в районе. В 1977 году мэр Копенгагена Эгон Вейдекамп дал порту статус исторической гавани. В 1980 году причал стал пешеходной зоной, ранее улицы использовались как парковочные места[3].

На данный момент Нюхавн — популярное место среди туристов и жителей города. Порт выполняет роль своего рода площади, в соответствии с задумкой архитекторов Яна Гейла и Ларса Гемзое[3].