В период Абхазского царства земли Ткуарчала входили в территорию Бедийского воеводства, но в 1330 были переданы Григорием Блистательным князьям Дадиани, так восточная Абхазия оказалась под мегрельской оккупацией. С независимостью Абхазского княжества начинается реконкиста абхазских земель. К концу семнадцатого века вся территория Абхазии включая современный Ткуарчал до Ингура была освобождена Сорехом (Шварахом) Шервашидзе-Чачба. Началось возвращение абхазов в свои земли. Абхазия была поделена между родственниками Сореха, выделялась область названная Мурзакан в которую вошли южные районы Ткуарчала.[1][2] Исторически коренным населением Мурзакана оставались абхазы, вплоть до Махаджирства после которого происходила активная Грузинизация, таким образом грузины взяли демографическое первенство.[3]

В 1930-е годы в связи с начавшейся разработкой ткварчельских каменноугольных копий здесь возникает крупное поселение городского типа. Посёлок Ткуарчал быстро разрастается. Формально город был основан в 1942 году как индустриальный центр Абхазии[4] путём объединения нескольких близлежащих поселков — Акармара, Джантуха, Поляна, Квазана (нижняя площадка), Абгигдара и Кумыз.

Город долгие годы считался одним из крупнейших центров добычи каменного угля. В годы Великой Отечественной войны единственным топливом для кораблей Черноморского флота был именно ткварчальский уголь[5].

Большинство административных и общественных зданий, а также жилой фонд в центральной части Ткварчели были построены пленными немецкими солдатами после 1943—44 годов. В проектировке зданий участвовали немецкие архитекторы и инженеры.

Во время войны 1992—1993 годов город пережил тяжелейшую блокаду, продолжавшуюся 413 дней. Многие здания были разрушены, другие просто пришли в упадок без надлежащего ремонта.