Prva zasedba območja se je začela šele v začetku 16. stoletja na pobudo grofa conversana Andrea Mattea III. Acquaviva Aragonskega. Približno štiridesetim kmečkim družinam iz Nocev je dovolil, da se tu naselijo in obdelujejo zemljo, z obveznostjo, da mu dajo desetino pridelka.

Leta 1635 je njegov naslednik grof Giangirolamo II. (1600-1665) postavil gostišče s taverno in oratorij ter začel urbanizacijo gozda z gradnjo nekaj hišic. K širjenju urbanega območja je pripomogla obilica apnenca, kras in apnenčast sediment ter grofovsko dovoljenje za gradnjo hiš samo s suhimi zidovi brez uporabe malte, ki bi postale svojevrstni trulli. Ta obveznost gradnje hiš s suhimi kamni je bila grofova korist, da bi se izognil plačilu davkov španskemu podkralju Neapeljskega kraljestva. Središče Alberobella je bilo zgrajeno na ulicah starodavne reke Cana, kjer je danes largo Giuseppe Martelotta.

Alberobello je ostal fevd aragonskega Acquavive do 27. maja 1797, ko je kralj Ferdinand IV. Bourbonski povzdignil majhno vas v kraljevo mesto in ga osvobodil fevdalnega suženjstva grofov. 22. junija 1797 je bil izvoljen prvi župan Francesco Giuseppe Lippolis.

Alberobello je edino naseljeno središče s celotnim okrožjem trullov. Zato velja za kulturno prestolnico trullov Valle d'Itria.

Leta 1940, z izbruhom druge svetovne vojne, je Masseria Gigante (niz podeželskih stavb), ki jo je leta 1887 na območju Bosco Selva zgradil duhovnik in razbojnik Don Francesco Gigante (18. september 1812 - 9. januar 1888) z namenom ustanovitve polja za kmetijsko prakso, rekvirirala italijanska vlada, ki ga je uporabljala kot prehodno in internacijsko taborišče. Do začetka septembra 1943 je bilo fašistično internacijsko taborišče, torej več kot 3 leta,[1] ta uporaba se je nadaljevala tudi po vojni do leta 1949. Od 1957 do 1972 je bila kmetija namenjena rehabilitacijski šoli za mladoletnike. V notranjosti je majhna cerkev, posvečena Fračišku Asiškemu in sv. Klari z mavčnimi slikami iz leta 1948.[2]