Somračne žarke je mogoče videti v Baziliki svetega Petra ob določenih urah ob sončnih dnevih.

Po Jezusovem križanju je v svetopisemski knjigi Apostolska dela zapisano, da je eden od njegovih dvanajstih učencev, Simon, znan kot sveti Peter, ribič iz Galileje, prevzel vodilno mesto med Jezusovimi privrženci in je bil zelo pomemben pri ustanovitvi krščanske cerkve. Ime Peter je Petrus v latinščini in Petros v grščini, izhaja iz petra, kar v grščini pomeni 'kamen' ali 'skala' in je dobesedni prevod aramejske Kepa, ime, ki ga je Simonu dal Jezus. (Jn 1,42 in Mt 16,18)

Katoliška tradicija pravi, da je Peter, po štiriindvajsetih letih, odpotoval v Rim in tam 13. oktobra 64. v času vladavine rimskega cesarja Nerona dočakal svoje mučeništvo skupaj s Pavlom. Njegova usmrtitev je bila ena od mnogih mučeništev kristjanov po velikem rimskem požaru. Po Origenovem mnenju je bil Peter križan z glavo navzdol, na lastno željo, ker se je sam zdel nevreden umreti na enak način kot Jezus.[1] Križanje je potekalo v bližini staroegipčanskega obeliska v Neronovem cirkusu. Obelisk zdaj stoji na Trgu svetega Petra in je cenjen kot 'priča' o Petrovi smrti. Gre za enega izmed starih rimskih obeliskov.[2]

Po tradiciji so Petrovi posmrtni ostanki pokopani tik pred Cirkusom, v Mons Vatikanus čez Via Cornelia od Cirkusa, manj kot 150 metrov od kraja njegove smrti. Via Cornelia je bila cesta, ki je vodila od vzhoda do zahoda vzdolž severnega zidu Cirkusa na podeželju, ki ga zdaj pokrivajo južni deli bazilike in Trg svetega Petra. Na tem mestu je bilo nekaj let pozneje postavljeno svetišče. Skoraj tristo let pozneje je bila na tem mestu zgrajena stara bazilika sv. Petra. Območje, ki ga zdaj pokriva Vatikan, je bilo nekaj let pokopališče, preden je bil zgrajen Neronov cirkus. Bilo je grobišče za številne usmrtitve v cirkusu in je vsebovalo veliko krščanskih pokopov, saj se je mnogo let po pokopu svetega Petra veliko kristjanov odločilo za pokop v bližini Petra.

Leta 1939, v času vladavine papeža Pija XII., se je pod kripto bazilike začelo 10 let arheoloških raziskav na območju, ki je od 9. stoletja nedostopno. V izkopavanjih so bili razkriti ostanki svetišč različnih obdobij na različnih ravneh, od Klemena VIII. (1594) do Kalista II. (1123) in Gregorja I. (590–604), zgrajenih nad edikulo, ki vsebuje drobce kosti, ki so bili zloženi v tkanino z zlatimi okraski, obarvano z dragoceno murex vijolično. Čeprav ni bilo mogoče z gotovostjo ugotoviti, da so kosti Petrove, so predlagana redka oblačila pokop velikega pomena. 23. decembra 1950 je papež Pij XII. v predbožični radijski oddaji po svetu napovedal odkritje grobnice svetega Petra.[3]

 

Navidezen pogled na [staro baziliko], H. W. Brewer, 1891

Stara bazilika svetega Petra je bila cerkev iz 4. stoletja, ki jo je začel graditi cesar Konstantin Veliki med letoma 319 in 333 [4]. Bila je značilne bazilikalne oblike, široka glavna in dve stranski ladji ter apsidalni zaključek, z dodatkom transepta ali beme, ki je stavbi dajal obliko tau križa. Dolga je bila več kot 103,6 metra, pred vhodom pa je bil velik atrij s kolonadami. Ta cerkev je bila zgrajena nad majhnim svetiščem, za katerega se verjame, da označuje grob svetega Petra, čeprav je bil grob leta 846 'uničen'.[5] Vseboval je zelo veliko pokopov in spomenikov, vključno s tistimi večine papežev od svetega Petra do 15. stoletja. Kot vse najzgodnejše cerkve v Rimu je imela tudi ta cerkev in njen naslednik vhod na vzhodu in apsido na zahodnem koncu stavbe.[6] Že od gradnje sedanje bazilike se je ime stara bazilika svetega Petra uporabljalo za predhodnico.

Konec 15. stoletja, ko je bila v obdobju Avignonskega papeštva zapostavljena, je stara bazilika propadala. Kaže, da je prvi papež, ki je razmišljal o obnovi ali vsaj uvedbi radikalnih sprememb, bil papež Nikolaj V. (1447–55). Naročil je delo na stari stavbi Leonu Battistu Albertiju in Bernardu Rossellineju, poleg tega pa je Rossellino zasnoval načrt za povsem novo baziliko ali skrajno spremembo stare. Papeževo vladanje je bilo ogroženo zaradi političnih težav in ko je umrl, je bilo le malo doseženega. Vendar je odredil rušenje Koloseja in do smrti je bilo v novo stavbo prepeljanih 2522 kamnitih kamnov.[7] Temelji so bili dokončani za nov transept in kor, ki je tvoril kupolast latinski križ z ohranjeno glavno in stranskima ladjama stare bazilike. Zgradili so tudi nekaj zidov za kor.

Papež Julij II. je načrtoval veliko več kot program popravljanja ali preoblikovanja Nikolaja V. Julij je takrat načrtoval svojo grobnico, ki naj bi jo oblikoval in okrasil kipar Michelangelo in jo postavil znotraj svetega Petra.[8] Leta 1505 se je Julij odločil, da bo staro baziliko porušil in jo nadomestil z monumentalno stavbo, da bi lahko umestil svoj ogromen grob. Potekal je natečaj, v galeriji Uffizi pa so ohranjeni številni dizajni. Sledilo je nasledstvo papežev in arhitektov v naslednjih 120 letih, njihova skupna prizadevanja pa so rezultat sedanje stavbe. Shema, ki jo je začel Julij II., se je nadaljevala skozi vladavine Leona X. (1513–1521), Hadrijana VI. (1522–1523). Klemena VII. (1523–1534), Pavla III. (1534–1549), Julija III. (1550–1555), Marcela II. (1555), Pavla IV. (1555–1559), Pija IV. (1559–1565), Pija V. (svetnik) ) (1565–1572), Gregorja XIII. (1572–1585), Siksta V. (1585–1590), Urbana VII. (1590), Gregorja XIV. (1590–1591), Inoceca IX. (1591), Klemena VIII. (1592–1605), Leona XI. (1605), Pavla V. (1605–1621), Gregorja XV. (1621–1623), Urbana VIII. (1623–1644) in Inocenca X. (1644–1655).

Eden od načinov financiranja stavbe bazilike svetega Petra je bilo dodeljevanje odpustkov v zameno za prispevke. Glavni pobudnik tega načina zbiranja sredstev je bil Albrecht, nadškof v Mainzu in Magdeburgu, ki je moral s prispevanjem k programu obnove počistiti dolgove do Rimske kurije. Da bi to olajšal, je imenoval nemškega dominikanskega pridigarja Johanna Tetzela, katerega prodaja je izzvala škandal. [9]

Nemški avguštinski duhovnik Martin Luther je pisal nadškofu Albrechtu, ki se je zavzemal za to 'prodajo odpustkov'. Vključil je tudi svoje »Disputacija Martina Lutherja o moči in učinkovitosti odpuščanja«, ki je postala znana kot 95 tez.[10] To je postalo dejavnik začetka reformacije, rojstva protestantizma.