Prva stopnja pri dekoriranju Sikstinske kapele je bila poslikava stropa v modri barvi, posuta z pozlačenimi zvezdami in z okrasnimi obrobami okoli arhitekturnih detajlov pendantivov. To je bilo popolnoma zamenjano, ko je Michelangelo leta 1508 začel delati na stropu.

Od sedanje sheme fresk je najzgodnejši del stranskih sten. Razdeljene so v tri glavne stopnje. Osrednja stopnja sten ima dva cikla slik, ki se dopolnjujejo, Mojzesovo življenje in Življenje Jezusa Kristusa. Leta 1480 jih je naročil papež Sikst IV., izvedli pa so jih Domenico Ghirlandaio, Sandro Botticelli, Pietro Perugino, Cosimo Rosselli in njihove delavnice. Prvotno so potekale po vseh stenah, nato pa so bile zamenjane na obeh končnih stenah.

Projekt je morda nadzoroval Perugino, ki je prišel v kapelo pred Florentince. Verjetno je bilo naročilo Ghirlandaia, Botticellija in Rosellija del projekta sprave med Lorenzom de' Medici, dejanskim vladarjem Firenc in papežem Sikstom IV. Florentinci so začeli delovati v Sikstinski kapeli spomladi 1481.

Pod cikli Mojzesovega in Kristusovega življenja je spodnja raven sten okrašena s freskami v srebru in zlatu. Nad pripovednimi freskami je zgornja stopnja razdeljena na dve coni. Na spodnji ravni oken je Galerija papežev, naslikana hkrati z Življenji. Okoli obokanih vrhov oken so območja, znana kot lunete, ki vsebujejo Kristusove prednike, ki jih je Michelangelo naslikal kot del sheme za strop.

Strop je naročil papež Julij II., naslikal pa ga je Michelangelo med letoma 1508 in 1512. Prvotno je bilo naročilo naslikati dvanajst apostolov na trikotnih pendantivih, ki podpirajo obok; vendar je Michelangelo zahteval proste roke pri slikovni vsebini sheme. Naslikal je serijo devetih slik, ki prikazujejo Božje stvarjenje sveta, Božji odnos s človeštvom in Padec človeka iz Božje milosti. Na velikih pendantivih je naslikal dvanajst svetopisemskih in klasičnih moških in žensk, ki so prerokovali, da bo Bog poslal Jezusa Kristusa za odrešenje človeštva, okoli zgornjih delov oken pa Kristusove prednike.

Leta 1515 je papež Leon X. naročil Rafaelu, da oblikuje serijo desetih tapiserij, ki bodo visele okoli spodnje stopnje sten.[1] Tapiserije prikazujejo dogodke iz Življenja svetega Petra in Življenja svetega Pavla, ustanoviteljev krščanske cerkve v Rimu, kot je opisano v evangelijih in delih apostolov. Dela so se začela sredi leta 1515. Zaradi velikih dimenzij so jih izdelali v Bruslju in je trajalo štiri leta pod rokami tkalcev v delavnici Pieter van Aelsta.[2] Rafaelove tapiserije so bile izropane med opustošenjem Rima leta 1527 in so bile zaradi vsebnosti plemenitih kovin zažgane ali pa so bile razpršene po Evropi. Konec 20. stoletja je bil komplet ponovno sestavljen iz več dodatnih sklopov, ki so bili narejeni po prvem nizu, in so bile ponovno prikazane v Sikstinski kapeli leta 1983. Tapiserije se še naprej uporabljajo na občasnih obredih posebnega pomena. Pripravljalni kartoni v polni velikosti za sedem od desetih tapiserij so znani kot Rafaelovi kartoni in so v Londonu.[3]

Na tej točki je dekorativna shema pokazala dosleden ikonografski vzorec. Niz papežev, ki se je v shemi, ki jo je začel papež Julij, pojavila tik pod dvanajstimi apostoli, bi poudarila apostolsko nasledstvo. Trdili so, da sedanja shema prikazuje dve svetopisemski zavezi, združeni, da bi razkrili Staro napovedovanje in oblikovanje Nove, sintetizirane logike krščanske Biblije.[4]

To je zmotilo nadaljnje naročilo pri Michelangelu, da je okrasil steno nad oltarjem s Poslednjo sodbo, 1537–1541. Slikanje tega prizora je zahtevalo izbris dveh epizod iz Življenj, Jezusovo rojstvo in Najdenje Mojzesa; več papežev in dva sklopa prednikov.