Området kallades Cacicazgo de Jagua när spanjorerna kom hit, och var befolkad av ursprungsbefolkningen.

Bosättningen grundades av franska immigranter från Bordeaux och Louisiana, ledda av Don Louis D'Clouet, 22 april 1819[1]. Dess ursprungliga namn var Fernardina de Jagua, till Ferdinand VII:s ära. Bosättningen blev en köping (spanska: Villa) 1829, och stad 1880. Staden fick sedan namnet Cienfuegos, efter namnet på öns dåvarande generalkapten.

Nära Cienfuegos, ligger platsen för Slaget vid Cienfuegos 1898, mellan spanska försvarare och de marinsoldater från USA som gick i land nära staden för att kapa spanska kommunikationsvägar.

Under den kubanska revolutionen skedde en uppresning i staden mot Fulgencio Batista med följden att staden bombades 5 september 1957[2].