Lämningar har hittats som visar att Homo sapiens fanns i Palawan för troligen omkring 50 000 år sedan. Dessa invånare kallas Tabonmänniskan.

Tusentals år senare anlände vågor av austronesisktalande invandrare – förfäderna till nutidens etniska filippinier – från Indonesien och genom södra Kina via Taiwan. Etniskt kinesiska köpmän anlände på 700-talet e.Kr.

På 1400-talet nådde islam de sydliga öarna.[1] Ferdinand Magellan kom till öarna första gången 1521. Efter att han upprättat vänskapliga förbindelser med några lokala hövdingar och omvänt dem till kristendomen kom Magellan i konflikt med en hövding som fortfarande var fientlig mot honom. Detta var hövdingen Lapu-Lapu. I det slag som följde blev spanjorerna besegrade och Magellan dödades, men ett av hans skepp kom tillbaka till Spanien och förde med sig nyheten om detta nya land.

Den 27 april 1565 kom den spanske conquistadoren Miguel López de Legazpi med 500 soldater till Cebu och bildade den första spanska bosättningen på öarna, ursprunget till dagens Cebu City.

Augustiner och franciskaner följde med soldaterna från ö till ö för att leta efter inhemska byar och människor. Spanjorerna byggde snart upp kyrkor och fästningar, medan de letade efter guld och kryddor. Katolicismen infördes och antogs av majoriteten. Sporadiska uppror skedde från stamgrupper i norra Luzons högländer och i kustområden. En del muslimer gjorde motstånd i Mindanao i södra Filippinerna. Den spanska militären slog tillbaka kinesiska pirater, japanska och portugisiska, nederländska och brittiska styrkor, som alla också hade intresse av Filippinerna.

Filippinerna styrdes från Nya Spanien (Mexiko) tills Mexiko blev självständigt. I slutet av 1500-talet inleddes en spirande handel.

1781 bildade guvernör José Basco y Vargas Sociedad Económica de los Amigos del País ("Det ekonomiska sällskapet för landets vänner") för att främja den ekonomiska utvecklingen. Filippinerna administrerades direkt från Spanien. Utveckling inom landet och utanför och öppnandet av Suezkanalen 1869, som förkortade restiden till Spanien och medverkade till att föra nya idéer till Filippinerna, befrämjade framväxten av en upplyst filippinsk övre medelklass, ilustrados. Många unga filippinare fick möjlighet att studera i Europa.

När de blivit upplysta av propagandarörelsen om den spanska kolonialregeringens orättvisor eftersträvade de först tillräcklig representation i Spaniens Cortes och senare självständighet. José Rizal, den mest uppskattade intellektuelle (och mest kontroversiella ilustradon), avrättades 1896 för högförräderi, eftersom Rizal var inblandad i revolutionsutbrottet. Katipunan bildades av Andrés Bonifacio och var ett hemligt sällskap med störtandet av det spanska styret i Filippinerna som enda målsättning. Sällskapet blev upptäckt av fader Mariano Gil som bröt sin tystnadsplikt och berättade för de spanska myndigheterna om en församlingsmedlem som var syster till en medlem i Katipunan. Den filippinska revolutionen bröt ut. Katipunan var delat i två grupper, Magdiwang som leddes av Andrés Bonifacio och Magdalo lett av Emilio Aguinaldo. Revolutionen slutade med ett avtal där revolutionärerna kapitulerade och gick med på att gå i exil i Hong Kong.

USA och Spanien blev invecklade i det spansk-amerikanska kriget 1898. Revolutionärernas ledare Emilio Aguinaldo lockades då tillbaka till Filippinerna med ett påstått löfte om självständighet liknande den för Kuba, som då utkämpade ett självständighetskrig. Den 12 juni 1898, när segern tycktes uppnåelig, utropade Emilio Aguinaldo Filippinernas självständighet. Det visade sig dock att både Spanien och USA försökte utesluta filippinierna från makten på det ockuperade Filippinerna. De ignorerade den filippinske representanten under förhandlingarna om Parisfördraget 1898. Spanien överlämnade Filippinerna till USA. Den filippinska republiken gjorde uppror mot USA:s ockupation, vilket ledde till det filippinsk-amerikanska kriget 1899–1913. Filippinerna kvarstod under USA:s kontroll och fick 1935 sin ställning uppgraderad. År 1941, under andra världskriget, invaderades och ockuperades Filippinerna av Japan som etablerade Andra filippinska republiken (1943–1945). Den 4 juli 1946 erkändes Filippinerna som självständig stat. USA:s sista militärbaser stängdes[2] 1992.

Filippinerna har upplevt en del ekonomisk och politisk instabilitet efter 1946. Gerillan Hukbalahap, som hade bekämpat japanerna under kriget, fortsatte sina aktiviteter och upplevdes som ett hot mot staten. Ferdinand Marcos valdes till president 1965. Under slutet av 1960-talet och början av 1970-talet växte aktivism bland studenter och antiamerikanska demonstrationer. Ett författningskonvent bestående av valda delegater utarbetade en ny författning som skulle antas i folkomröstning och ersätta den gamla från 1935. Perioden var präglad av oroligheter och undantagstillstånd utlystes 21 september 1972. President Marcos fick nu kraftigt förstärkt makt. Den nya konstitutionen infördes sedan med något tvivelaktiga medel. Situationen tycktes lugna ned sig tills de senare åren av Marcos auktoritära regim, som präglades av korruption. Undantagstillståndet hävdes 1981. En politisk och ekonomisk kris under 1980-talet förvärrade missnöjet med Marcos.

1986 lämnade Marcos med sin familj och några förbundna Filippinerna och gick i exil i Hawaii. Corazon Aquino, änka efter den mördade senatorn Benigno Aquino, tog över regeringsmakten efter ett snabbt val. Efter Marcos har Filippinerna återgått till demokrati och reformerat styret, men en inrotad korruption, inbördes stridigheter och aktiviteter av kommunistiska upprorsmakare och muslimska separatistiska rörelser försvårar alltjämt landets ekonomiska produktivitet. Under perioden efter Marcos har landet upplevt tre presidentskapskriser, varav den senaste i samband med ett avvärjt kuppförsök i början av 2006 då president Gloria Macapagal-Arroyo införde undantagstillstånd.

Vid valen i maj 2010 vann Benigno Aquino III. Han svor presidenteden den 30 juni 2010 vid Quirino Grandstand i Luneta Park. I installationstalet lovade han bland annat att motverka fattigdom och korruption. Benigno Aquino III är son till Corazon Aquino och Benigno Aquino, Jr..

Rodrigo Duterte ställde upp i Filippinernas presidentval år 2016. Han vann presidentvalet med 39 procent av rösterna och tillträdde posten 30 juni 2016. När det gäller konstitutionaliserade frågor har han främst nämnt att han vill ha en parlamentarisk utveckling. Duterte har gett polisen order om att döda misstänkta brottslingar. Han har sagt att "Kampanjen Skjuta för att döda" kommer att fortsätta till den sista dagen av hans ämbete, Han gav också en personlig garanti om åtalsimmunitet åt soldater och poliser som dödar någon då de utför sitt jobb. Presidenten har dessutom uppmanat vanliga medborgare och rebeller att döda droglangare.[3]