Fjaðrárgljúfur är en kanjon i republiken Island. Den ligger i regionen Suðurland, i den södra delen av landet, 190 km öster om huvudstaden Reykjavík. Fjaðrárgljúfur ligger 114 meter över havet.

Terrängen runt Fjaðrárgljúfur är platt söderut, men norrut är den kuperad. Den högsta punkten i närheten är 339 meter över havet, 2,0 km nordväst om Fjaðrárgljúfur. Trakten runt Fjaðrárgljúfur är nära nog obefolkad, med mindre än två invånare per kvadratkilometer. Närmaste större samhälle är Kirkjubæjarklaustur, 6,1 km öster om Fjaðrárgljúfur. Trakten runt Fjaðrárgljúfur består i huvudsak av gräsmarker.