Skaftafellsjökull är en glaciär i republiken Island. Den ligger i regionen Austurland, i den sydöstra delen av landet, 240 km öster om huvudstaden Reykjavík. Skaftafellsjökull ligger 478 meter över havet.

Terrängen runt Skaftafellsjökull är bergig norrut, men söderut är den kuperad. Den högsta punkten i närheten är 1 114 meter över havet, 2,3 km väster om Skaftafellsjökull. Trakten runt Skaftafellsjökull är nära nog obefolkad, med mindre än två invånare per kvadratkilometer. Trakten runt Skaftafellsjökull är permanent täckt av is och snö.

Trakten ingår i den boreala klimatzonen. Årsmedeltemperaturen i trakten är −6 °C. Den varmaste månaden är juni, då medeltemperaturen är 4 °C, och den kallaste är januari, med −11 °C.