Arkeologiska fynd visar på bronsålder bosättningar i området som ägnade sig åt jordbruk och boskapsskötsel. Grekerna och därefter kartagerna anlände till Úbeda. Under den romerska tiden kallades staden för Betula.[1]

Det är först efter den arabiska (moriska) erövringen som Úbeda blir en stad av betydelse. staden grundades av Abd ar-Rahman II och han gav staden namnet Medinat- Ubbadat Al-Arab (Arabernas Ubeda). Med hjälp av hantverk, handel och jordbruk blev Úbeda en av de viktigaste städerna i Al-Andalus.[1]

Efter ett flertal tidigare försök av andra kristna kungar återföras Úbeda till de kristna väldet av Ferdinand III av Kastilien 1234. Invånarna i staden var skattebefriade vilket lade grunden till en välmående stad med en borgarklass med starkt inflytande. 1368 ödelades staden till följd av inbördeskrig mellan Peter I av Kastilien och Henrik av Trastamara (sedermera Henrik II av Kastilien) och 1509 lät Isabella I av Kastilien riva stadsmuren för att få slut på stridigheter mellan adelsfamiljerna. Detta ledde till en ekonomisk uppgång. Stadens son, Francisco de los Cobos y Molina, steg i graderna och blev till slut statssekreterare under kung Karl I av Kastilien (tillika Karl V, tysk-romersk kejsare) och hans brorson Juan Vázquez de Molina efterträdde honom på posten. Under 1500-talet, framför allt under kung Karl I och Filip II, renoverades staden grundligt i en renässansstil med starka italienska influenser.[2][3][1][4][5][6][7]

Under 1600-talet drabbades Úbeda av ekonomisk nedgång på grund av missväxt, epidemier och skatteproblem vilket ledde till att befolkningen minskade. Under det spanska självständighetskriget tillfogades staden ytterligare ekonomisk skada och även under det spanska inbördeskriget led staden svårt.[1][4]