Афродисія була метрополією (столицею провінції) регіону та римської провінції Карія.

Білий і блакитно-сірий карійський мармур, що використовувався для оздоблення фасадів споруд та вирізьблення скульптур в великих кількостях видобували в пагорбах неподалік Афродисії у елліністичний та римський періоди. Залишки античних мармурових кар'єрів можна побачити неподалік міста дотепер. Мармурові скульптури та скульптори з Афродисії ,були досить відомими в римському світі. Багато зразків чудових скульптур було виявлено в самій Афродисії, а деякі зображення Афродіти з Афродисії були виявлені в інших частинах римського світу, аж до Пакс Юлія в Лузитанії (Португалія).

Місто, відоме своїми школами скульптури, а також філософії, залишалось центром язичницьких культів принаймні до кінця V століття. Наступ християнства і зменшення кількості паломників призвели до поступового знелюднення міста. Землетрус на початку VII століття призвів до остаточного занепаду, після чого місто і вже ніколи не відновило свого колишнього розквіту, зменшившись до невеличкого середньовічного укріпленого поселення на місці античного театру. Приблизно в той же час місто було перейменоване у Ставрополіс (грец. Σταυροῡπολις, «місто Хреста»), щоб остаточно усунути натяки на язичницькі культи. У VIII столітті місто було відоме як Карія - за назвою регіону, що згодом породило сучасну турецьку назву - Гейре. У візантійські часи місто було резиденцією фіскальної адміністративної одиниці (dioikesis).

Місто було розграбоване під час повстання Теодора Манкафаса в 1188 році, а потім тюрками-сельджуками в 1197 році. Остаточно підпало під контроль османів наприкінці 13 століття.