У 13-14 столітті Краків був оточений муром. Письмові джерела згадують Флоріанські ворота з 1307 року. Через браму проходив шлях до Клепаржа біля костелу св. Флоріана; тут же починався Королівський шлях на Вавель.

Сучасна будівля у своїй найстарішій частині походить з рубежу 13-14 століть. У 1565—1566 роках біля Флоріанських воріт був побудований Міський арсенал. У XVI ст. у брамі містилися міські стайні. У 1694 році браму капітально відремонтували.

 Первісний вигляд брами та барбакану (1857)

На початку 19 століття були розроблені плани знести стіни. Їх захистив проф. Фелікс Радванський, який писав: «Вони захищають від вітрів, що дмуть під костелом Св. Марії з Клепаржа. Вітри не годяться, бо вони зноситимуть сморід і сміття, і безбожно роздмухуватимуть спідниці Паннам Матерям і Дружинам». 13 січня 1817 року Радванський домігся рішення Сенату Краківської Республіки залишити фрагменти середньовічних укріплень для нащадків. Тому були збережені частини стін, зокрема Барбакан і Флоріанські брама.

У 1882 році браму вдруге врятували від знесення. Це зробив князь Владислав Чарторийський. Він вирішив створити у надбрамній вежі родову каплицю Чарторийських. Міська рада погодилася за умови, що брама та вежа виглядатимуть так, як у середині XVIII ст. У 1889 році каплицю добудував і освятив кардинал Альбін Дунаєвський.

Знову браму планували демонтувати на початку 20 століття, коли в місті запустили електричний трамвай. Колія мала проходити через ворота, але трамвай туди не вліз. Нарешті вирішили поглибити прохід і ворота вдалося врятувати.