Стародавня назва невідома. Засновано близько 550 року, на кордоні між областю мая і немаянських племен. Водночас навколо нього виникло царство (назва поки невідома, емблемного ієрогліфу не виявлено). Із самого початку перебувало в залежності від Шукуупського царства. Забезпечував для останнього охорону торговельних шляхів. Культурно було пов'язано з Копаном. Водночас такі відносини з сюзереном давали змогу ахавам Ель-Пуенте почуватися впевнено й здійснювати торговельні операції з міста мая гірської частини та Петену, через останні відбувалася торгівля з центральною Мексикою.

Після поразки Шуккупа від царства Цу'со у 738 році на деякий час Ель-Пуенте перебувало в залежності від священних володарів Цу'со. Близько до 770-х років ахави Ель-Пуенте здобули самостійність.

Внаслідок занепаду Копану у 1-й половині IX століття значна частина населення переселилася до Ель-Пуенте, зокрема фахівці та частина знаті. Після 900 року почався занепад міста й держави. Він остаточно настав близько 950 року, коли населення залишило це місто.