Місто було засноване народністю ітсаєс, які прийшли сюди з району Чичен-Іци. Точна дата заснування міста невідома, деякі джерела вказують XIII століття, в інших джерелах зустрічається XV століття. До XVIII століття на місці Флореса знаходилося місто мая Таясаль.

Місто було атаковане та зруйноване іспанськими конкістадорами Мартіна Де-Урсуа у 1697 році. Згодом було перебудоване та відновлене. Фактично, сучасний Флорес, побудований на руїнах маянського поселення Таясаль.