Радіовуглецевий аналіз допоміг встановити, що поселення було заселене, з VI по XVI ст н. е. Чачапойя звели фортецю на початку 510-х років для захисту від нападу з боку держави Уарі. Тривалий час Куелап залишався центром опору різним загарбникам. Інки також довгий час не могли підкорити Куелап. Лише Тупак Юпанкі на початку свого володарювання зміг це зробити. З цього моменту Куелап перетворюється на військову опору інків на півночі своєї імперії. В цьому статусі куелап залишався протягом існування держави інків.

Інки залишили Куелап у період вторгнення іспанських конкістадорів, після 1533 року, коли останнього незалежного Сапа Інку Атауальпу було страчено. військовик останнього Кіскіс не наважився довго тут залишатися, оскільки постачання харчів до цієї фортеці було ускладнено. З цього моменту Куелап було залишено військовими.