Збудована у 970-972 за розпорядженням фатимідського воєначальника Джаухара. Завдяки допомозі Фатімідів мечеть процвітала, у ній велося також викладання ісмаїлітської доктрини.

Після взяття Каїра Саладіном в 1171 перетворилася на рядову мечеть, де вже велося викладання сунітських дисциплін[1], згодом мечеть стала однією з твердинь сунітської ортодоксії.

За мамлюцького султана аз-Захіра Байбарса (1260-1277) відремонтовано застарілу будівлю та покращено утримання викладачів та учнів.

З 1266 в мечеті відновили читання проповідей (хутба)[1].

Аль-Азхар століттями служив притулком для гнаних та мандрівників; в ньому селилася частина іногородніх та іноземних викладачів та учнів; суфії влаштовували у ньому свої зикри. Багато знаменних подій розгорталися в стінах аль-Азхара та на площі перед ним.

На початку XIX століття викладачі університету очолили рух проти французької окупації[1].