Згідно з легендою, яку наводить Страбон, місто заснував Патар, син Аполлона і Лікії, дочки Ксанфа. На сьогодні серед дослідників усталеною є думка про те, що Патара була колонією дорійських греків, які походили з острова Крит, чим пояснюється популярність культу Аполлона, який був дуже розповсюдженим серед дорійців. Точна дата заснування міста невідома, проте найдавніша кераміка, яку було знайдена на пагорбі Тепечік (місце розташування акрополю Патари) датується VII століттям до н. е., що вказує на заснування міста на межі VII і VII століть до н. е.

Період перського домінування

Близько 540 року до н. е., вся Мала Азія, включаючи Лікію, потрапляє під владу перського царя Кіра II. Лікійці були одними з небагатьох народів, які чинили відчайдушний опір його полководцю Гарпагу. Втім, подальше співіснування персів і лікійців виявилося цілком спокійним. Перси обмежилися накладання на лікійські міста невеликої данини та практично не втручалися у справи регіону. Сам Гарпаг зрештою став засновником династії, яка правила Лікією до походів Олександра Македонського. Протягом періоду перського домінування лікійські міста досягти високого рівня розвитку і сформувати самобутню культуру.

Елліністичний період  Гавань Патари, яка внаслідок зміни рівня води в Середземному морі перетворилася на болото

Після захоплення Галікарнасу Олександр Македонський вирішив організувати великий похід в Лікію і Памфілію, метою якого було захоплення контролю над узбережжям і нейтралізація загрози яка походила від ахеменідського флоту. У 333 році до н. е. Патара, як і решта міст Лікії, без опору здається військам Олександра.

Після розпаду імперії Олександра, в період воєн діадохів містом послідовно володіли Антигон I Одноокий та його син Деметрій I Поліоркет. Проте Антигону і його нащадкам не вдалося надовго утриматися в регіоні. У 308 році до н. е. в ході коаліційної війни проти Антигона Птолемей І Сотер організував великий морський похід вздовж узбережжя Кілікії, Памфілії і Лікії, внаслідок якого всі ці території перейшли під контроль царства Птолемеїв. В 301 році до н. е. після розгрому Антігона при Іпсі Птолемеї закріпилися в Лікії аж до початку II століття до н.е. Під час правління Птолемея II Філадельфа Патара була сильно зруйнована внаслідок землетрусу. Єгипетський цар відновив місто і назвав на честь своєї дружини Арсіної Арсинон (грец. Ἀρσινόη), проте ця назва не прижилася і місто продовжували називати Патарою.

Птолемеї втратили контроль над Патарою в 196 році до н. е., коли в ході П'ятої сирійської війни місто було захоплене селевкідським царем Антіохом III. Проте, контроль імперії Севевкідів над Патарою виявися не надто тривалим. В 192 році до н. е., Антіох ІІІ розпочав так звану Сирійську війну проти Риму та його союзників, яка закінчилася для нього військовою катастрофою. Після розгрому в битві під Магнезією, Антіох змушений був укласти з Римом вкрай невигідний для нього мир. За умовами Аппамейського мирного договору, укладеного 188 р. до н. е. Патара разом з усіма іншими лікійськими містами перейшла під владу союзної Риму Родоської держави.

Стосунки між лікійцями і родосцями були вкрай напружені. Тіт Лівій і Полібій згадують, що 178 році до н. е. лікійці надіслали до римського сенату послів з численними скаргами на політику родосців у Лікії. За свідченням Полібія римський сенат направив легатів до Родосу, які мали задовольнити частину вимог лікійців і врегулювати конфлікт. Зрештою в 167 р. до н. е., коли відносини між Родосом і Римом ускладнилися, сенат остаточно підтримав вимоги лікійців та вивів регіон з-під влади Родосу, дозволивши сформувати окрему самоврядну структуру, союз 23 міст, відомий як Лікійська ліга або Лікійський союз (лікійск.: Itlehi Trmmili). Зазначена політична структура мала статус союзника Риму аж до її ліквідації за часів імператора Клавдія. Період II — I століть до н. е. став добою розквіту Патари. У цей час місто виконує роль столиці Лікійської ліги, тут збирається її рада (синедріон грец. συνέδριον), та резидує голова Ліги (лікіарх) разом з іншими особами, які обіймали ті чи інші магістрати. У Лікійському союзі Патара разом зі ще п'ятьма містами (Ксанфом, Мірами, Пінарою, Тлосом та Олімпосом) мала максимальну кількість голосів (місто могло направляти до синедріону трьох послів). У цей же час Патара перетворюється на важливий економічний центр та ключовий порт.

Про історію Патари в цей час ми знаємо мало. У 88 році до н. е. місто було обложене царем Понту Мітрідатом VI. Проте, понтійський цар не зумів належним чином організувати блокаду міста з моря, що зумовило його військову невдачу. Зрештою, розуміючи, що взяти місто він не зможе Мітрідат вирішив зняти облоги та відступити. Аппіан з цього приводу наводить легенду, згідно з якою Мітрідат вирубавши священну рощу побачив сон, який його злякав настільки, що той вирішив зняти облогу.

У 43 році до н. е. в Лікію в пошуках грошей і воїнів для ведення війни проти Марка Антонія та Октавіана Августа прибув Марк Юній Брут з військами. Впливовий лікієць Навкрат закликав жителів до непокори Бруту, який до цього практично дощенту зруйнував сусідній Ксанф. Обложена Патара також відмовлялася підкоритися римлянам, але в ході переговорів місто домовилося забезпечити Брута кораблями і золотом, отримавши натомість звільнення від податків на найближчі кілька років.

Період Римської та Візантійської імперій  Грекомовна інскрипція з Патари

Протягом 40-х — 70-х років І століття відбувався поступовий процес інкорпорації Лікії до складу імперських структур. У 43 році імператор Клавдій ліквідував самоврядну Лікійську лігу, включивши всі її міста в тому числі і Патару до складу провінції Лікія. Згодом Нерон ненадовго відновив Лікійську лігу. В 74 році самоврядування Лікії було остаточно скасовано імператором Веспасіаном, а Патара разом з іншими містами була включена до римської провінції Лікія-Памфілія з центром у місті Перге. Попри втрату навіть відносної самостійності та статусу адміністративного центру, імперський період був добою розквіту Патари. В цей час було зведено водогін, чотири терми, гранаріум, тріумфальну арку, перебудовано театр та булевтерій, реконструйовано агору. Таким чином, практично всі збережені на сьогодні будівлі Патари були або зведені або капітально перебудовані в римську добу. Саме в цей час місто досягає найбільшого територіального розширення та досягає максимуму населення (в середині І століття в місті мешкало близько 20000 осіб).

Про історичні події пов'язані з Патарою нам відомо так само небагато. Місто відвідують імператори Веспасіан та Адріан з дружиною Сабіною. Візит Адріана, який відбувся 131 року був однією з найбільш пам'ятних подій в історії міста. Після візиту імператор звелів звести великий зерновий ринок (гранаріум) руїни якого збереглися до сьогодні.

З інскрипції, знайденої біля зовнішньої стіни скени театру ми знаємо, що 143 році місто сильно постраждало від землетрусу, але було швидко відбудовано.

Важливим процесом історії Патари римського періоду стала поступова латинізація, зокрема, меценати, які реконструювали театр носили римські імена.

У цей же час в місті розповсюджується християнство та формується впливова християнська громада.

 Грекомовна інскрипція, розміщена на стіні театру Патари

Останній розквіт місто пережило за доби імператора Юстиніана в VI столітті. Саме цим часом датуються сліди ремонтів та перебудов низки громадських споруд. Вірогідно, що в цей час було споруджено і велику базиліку, яка виконувала роль кафедрального собору Патари.

Починаючи з середини VII століття араби, відвоювали у Візантійській імперії Сирію, Єгипет, і Північну Африку, створюють сильний флот і починають робити набіги на середземноморське узбережжя Малої Азії. Імперія, яка переживає на той момент глибоку кризу, була не в змозі забезпечити захист своїх територій. Спустошень в цей час зазнає і Патара, яка до того ж не мала потужних укріплень. Через постійні набіги і грабежі населення міста поступово зменшується.

У VIII — X століттях заселеною залишається невелика частина античного міста, що безпосередньо прилягала до гавані дещо північніше театру. Вірогідно, що саме в цей час зводиться стіна, що включала в себе будівлю булевтерію, «Терм Веспасіана», «Центральних терм» та неподалік від «Корінфського храму» підходила до гавані. Візантійські пам'ятки вірогідно VIII-IX століть знайдено також біля пагорбу Тепечік. Згодом заселеним залишився лише невеликий пагорб, на якому стояв «Корінфський храм». Тут було зведено додаткові укріплення, залишки яких досить непогано збереглися до наших днів (в систему цих укріплень як вежу було включено і згаданий «Корінфський храм» завдяки чому він, очевидно, і зберігся до сьогодні).

На початку VIII століття, з розвитком фемної системи (система військово-адміністративного поділу) у Візантії, Патара входить до новоствореної морської феми Ківірреоти (грец. Θέμα ναυτικόν Κιβυρραιωτῶν), що охоплює південне узбережжя Малої Азії та острови Егейського моря. Ківірреоти була найбільш значною морської фемой Візантії складаючи основу візантійського флоту.

У X столітті, після ряду перемог над арабами Візантія відновлює вплив в регіоні. В цей час місто використовується як військово-морська бази та зберігає певне торгове значення. Однак, територія міста обмежується лише одним укріпленим пагорбом і фактично не збільшується. Крім того, на сьогодні єдиною відомою пам'яткою X —XII століть є невелика базиліка, розташована в центрі середньовічних укріплень, що вказує на те, що місто продовжувало перебувати в занепаді.

Сельджуцьке завоювання та занепад  Залишки укріплень середньовічного міста

На межі XII — ХІІІ століть місто було завойоване сельджуками і ще певний час використовується як порт. Серед сельджуцьких пам'яток на сьогодні відомі руїни мечеті та невеликої лазні. Всі ці будівлі зосереджені в середньовічному місті неподалік від «Корінського храму». Сельджуки також перебудували візантійські стіни, додавши зубці характерної форми.

Попри сельджуцьке завоювання в місті залишалася значна християнська громада та діяла як мінімум одна церква.

Патара продовжувала існувати як невелике місто і порт ще в XIV столітті. Однак, очевидно, десь в цей же час внаслідок зміни рівня води в Середземному морі гавань Патари поступово перетворилася на болото, що остаточно знищило місто. Після того, як місто залишили його мешканці, руїни будівель поступово занесло піском.