公元317年，司马睿渡江建立东晋并定都于建康（今南京）。想要在正南门宣阳门（今中华门）外监理双阙。丞相王导深知东晋初建不宜大兴土木，请司马睿出宣阳门南望牛首山，趁机劝说司马睿：“此天阙也，岂烦改作！”司马睿打消兴建双阙的想法，改牛首山为天阙山。

公元459年，南朝宋大明3年，在其山建设幽栖寺。

公元461年，南朝宋大明5年，高僧辟支和尚曾在牛首山西峰南坡山洞里修行过，辟支和尚住过的山洞称辟支佛洞，又叫佛窟洞，牛首山当时被称为仙窟山。

公元503年，南朝梁天监2年，司空徐度于佛窟寺（今宏觉寺），该寺位于牛首山南。

公元643年，唐贞观17年，法融禅师接受禅宗四祖道信之点拨，于幽栖寺北岩建立茅茨禅室并创立牛头禅宗，后授徒传法。

公元774年，唐大历9年，牛首山建成宏觉寺塔，又称之为唐塔。

公元943年，南唐李昪与他皇后宋氏的“钦陵”、中主李璟与他皇后钟氏的“顺陵”安葬于牛首山南麓，并称为南唐二陵。

公元1050年，北宋皇祐2年初期，在牛首山西峰原佛窟寺处建立辟支塔。

公元1436至1449年，明宣德8年4月，郑和在印度西海岸古里去世，后葬于牛首山。

公元1636至1948年，清代时期，弘觉寺为避乾隆名讳弘历，改为宏觉寺。民国时期，宏觉寺再次更名为普觉寺。

1993年，宏成法师重建宏觉寺，并将新寺地址选在祖堂山（原幽栖寺遗址）旁边。

2008年7月，在大报恩寺遗址（长干寺地宫）出土装有佛顶骨舍利的铁函文物。

2010年6月12日，上午9点15分，栖霞寺密藏千年的“释迦牟尼佛佛顶真骨”再次重现。同年，经过宗教和文化行政主管部门、佛教和文物界研究的同意，在牛首山遗址公园内建地宫安奉佛顶骨舍利。

2011年9月，经过江宁区政府对《天阙藏地宫，双塔出五禅——牛首胜境》方案，并确定释迦牟尼佛佛顶骨舍利安奉的地点，以及最终方式。

2015年10月27日，牛首山释迦牟尼佛顶骨舍利供奉大典举行，同时牛首山文化旅游区也落成并开园。[1]