Existeixen unes restes d'instal·lacions púniques no excavades que indiquen que va existir un establiment entre els segles iii i I aC. En un promontori al nord de l'illa hi ha un jaciment arqueològic que podria ser una vil·la romana.

Durant els segles xvi i xvii, quan Formentera estava pràcticament despoblada, s'Espalmador va ser l'escenari d'alguns episodis bèl·lics entre pirates i eivissencs.

Després de la repoblació de Formentera, els recursos de s'Espalmador eren aprofitats a través de la pesca i l'extracció de marès. Durant part del segle xx va ser un punt estratègic per al tràfic de productes de contraban.

Al nord de l'Estanyol hi ha una casa de pagès tradicional, anomenada can Vidal, que ha estat des del segle xix habitada per majorals. El 1927 l'illa va ser comprada per l'empresari mataroní Bernard Cinnamond James, don Bernat. Es van construir uns habitatges al racó de l'Alga, al nord de la platja de l'Alga, amb un oratori dedicat a Sant Bernat. Avui és una residència estiuenca i l'illa és propietat dels seus descendents.