Το νησί αναφέρεται για πρώτη φορά στα χρονικά του 421, όταν άνθρωποι από την Πάντοβα και το Έστε κατέφυγαν εκεί για να γλιτώσουν από τις επιδρομές των βαρβάρων. Τον 9ο αιώνα ο πληθυσμός του νησιού άρχισε να αυξάνεται και στους επόμενους αιώνες η σημασία του αυξήθηκε σταθερά, μέχρι που κυβερνήθηκε από έναν αφοσιωμένο Podestà. Το 1379 η Βενετία δέχτηκε επίθεση από τον στόλο της Γένοβας. Οι κάτοικοι της Ποβέλια μεταφέρθηκαν στη Τζιουντέκκα.

Το νησί παρέμεινε ακατοίκητο στους επόμενους αιώνες. Το 1527 ο δόγης πρόσφερε το νησί στους καμαλδολέζους μοναχούς, οι οποίοι αρνήθηκαν την προσφορά. Από το 1645 και μετά, η βενετική κυβέρνηση έχτισε πέντε οκταγωνικά οχυρά για την προστασία και τον έλεγχο των εισόδων στη λιμνοθάλασσα. Το οκτάγωνο της Ποβέλια είναι ένα από τα τέσσερα, που σώζονται ακόμη.

Το 1776 το νησί περιήλθε στη δικαιοδοσία του Magistrato alla Sanità (Γραφείο Δημόσιας Υγείας) και έγινε σημείο ελέγχου για όλα τα αγαθά και τους ανθρώπους, που πηγαινοέρχονταν από τη Βενετία με πλοίο. Το 1793, υπήρξαν πολλά κρούσματα πανώλης σε δύο πλοία, και κατά συνέπεια το νησί μετατράπηκε σε έναν προσωρινό σταθμό κράτησης των ασθενών (lazaretto). Αυτός ο ρόλος έγινε μόνιμος το 1805, υπό την κυριαρχία του Ναπολέοντα Βοναπάρτη, ο οποίος είχε επίσης καταστρέψει την παλιά εκκλησία του Σαν Βιτάλε. Το παλιό καμπαναριό μετατράπηκε σε φάρο. Το lazaretto έκλεισε το 1814.

Το νησί χρησιμοποιήθηκε ως σταθμός καραντίνας από το 1793 έως το 1814. [1] Το 1922 τα υπάρχοντα κτήρια μετατράπηκαν σε άσυλο ψυχικά ασθενών και αργότερα χρησιμοποιήθηκαν ως οίκος ευγηρίας/εγκατάσταση μακροχρόνιας φροντίδας, μέχρι το κλείσιμό του το 1968. Στη συνέχεια, το νησί χρησιμοποιήθηκε για λίγο για τη γεωργία και στη συνέχεια εγκαταλείφθηκε εντελώς.

Το 2014 το ιταλικό κράτος δημοπράτησε τη μίσθωση της Ποβέλια για 99 έτη, η οποία θα παρέμενε κρατική περιουσία, για να αυξήσει τα έσοδα του κράτους, ελπίζοντας ότι ο αγοραστής θα μετέτρεπε το νοσοκομείο σε πολυτελές ξενοδοχείο. [2] Η υψηλότερη προσφορά (513.000 €) ήταν από τον Ιταλό επιχειρηματία Λουίτζι Μπρουνιάρο. Σχεδίαζε να επενδύσει 20 εκατ. ευρώ σε ένα σχέδιο αποκατάστασης. [3] Η μίσθωση δεν προχώρησε, γιατί το έργο του κρίθηκε ότι δεν πληρούσε όλες τις προϋποθέσεις. [4] [5] Άλλες πηγές πρότειναν ότι η συμφωνία ακυρώθηκε, επειδή η προσφορά ήταν πολύ χαμηλή. [6] Ο Μπρουνιάρο αρχικά έκανε αρκετές προσπάθειες, για να μην ακυρωθεί η μίσθωση, αλλά αφού έγινε δήμαρχος της Βενετίας, απαρνήθηκε κάθε πρόθεση για το νησί. [7]

Το 2015, ένας ιδιωτικός όμιλος, ο Poveglia per Tutti, ήλπιζε να συγκεντρώσει 25–30 εκατομμύρια ευρώ για ένα νέο σχέδιο, που θα περιλάμβανε «ένα δημόσιο πάρκο, μια μαρίνα, ένα εστιατόριο, έναν ξενώνα [και] ένα κέντρο μελέτης», σύμφωνα με την The Telegraph.[7] Ως τα μέσα του 2019, ωστόσο, το νησί παρέμενε ακατοίκητο. [8]