Durante gran parte del siglo XIX, la isla albergó un local para la cuarentena de los enfermos que venían del extranjero, antes de entrar en Río de Janeiro, que más tarde se transformó en una colonia de enfermos de lepra.

Posteriormente, fue construida la Colonia Penal Cândido Mendes, local a donde eran mandados algunos de los más peligrosos criminales del país durante el Estado Novo y presos políticos durante el régimen militar de 1964.

En 1994, el gobierno decidió desactivar el presidio, que atrapaba la economía local y era fuente de graves problemas de seguridad debido a las frecuentes fugas de prisioneros. Después de que en 1994 el gobernador del Estado mandara dinamitar el edificio, en 1998 la Universidad del Estado de Río de Janeiro (UERJ), obtuvo el derecho de cesión del área y de las dependencias que pertenecían al presidio, inaugurando el Centro de Estudios Ambientales y Desarrollo Sostenible (CEADS).