La ciudadela de Teherán se construyó en el reinado del sah Tahmasp I, de la dinastía safávida, y más adelante, fue renovada bajo Karim Jan, de la dinastía Zand. Aga Mohammad Jan, de la Dinastía Qajar, estableció en Teherán su capital, con lo que la ciudadela, se convirtió en el centro de la Dinastía Qajar, y el patio y palacio de Golestán en residencia oficial de la familia real. En 1865, el palacio fue reconstruido en su forma actual por el arquitecto Hayi Abolhasán Navaí.

En la época de la dinastía pahlaví, el palacio fue utilizado para recepciones oficiales de la realeza mientras los monarcas construían su propio palacio residencial de Niavarán al norte de la ciudad, en la ladera fresca y arbolada de la cordillera del Alborz. Las ceremonias más relevantes celebradas en el palacio de Golestán fueron la coronación de Reza Pahlaví, en el Trono de Mármol, en 1925, y la de Mohammad Reza Pahlaví, en 1941 en la sala de exposiciones.

Entre los años 1925 a 1945, gran parte de las dependencias del palacio, fueron destruidas por orden de Reza Shah, con el argumento de que el vetusto palacio Qayar, no debía estorbar el crecimiento de la ciudad moderna, y en lugar de los edificios antiguos, se erigieron construcciones al estilo occidental contemporáneo.

Tras la Revolución iraní de 1979, el palacio se convirtió en museo histórico y arquitectónico. La Unesco aceptó la inscripción del Palacio en su Patrimonio de la Humanidad el 23 de junio del año 2013.[1]​