Las estructuras conservadas fueron construidas alrededor del 450 a 500 d. C.,[1]​ estos edificios fueron construidos sobre estructuras aún más antiguas, del 250 a 300 d. C. Debido a la ubicación del palacio y la calidad de su arte, se cree que el complejo era el hogar de un sacerdote de alto nivel o de otra persona de rango importante. El complejo pudo también haber sido utilizado para propósitos ceremoniales. El nombre Quetzalpapálotl proviene de las esculturas de pájaros mitológicos en los pilares de patio y viene del náhuatl quetzalli, pluma preciosa, y pāpālōtl, mariposa.[2]​

El complejo fue redescubierto en el 1962 por el arqueólogo Jorge Acosta.[3]​ Entre 2009 y 2011 el complejo fue rehabilitado por el Instituto Nacional de Antropología e Historia.[1]​