Amsterdamin paikalle rakennettiin ensimmäiset puutalot 1200-luvun alkupuolella. Kaupunki linnoitettiin suojaksi vihollisilta; Amstel-joki padottiin nykyisen Damin aukion kohdalta. Padon avulla pystyttiin säätelemään veden korkeuden lisäksi myös kauppaa, sillä se esti merikelpoisia aluksia purjehtimasta yläjuoksulle. Siksi rahti jouduttiinkin siirtämään paikallisiin aluksiin jatkokuljetusta varten. Näin asukkaat saivat tästä koituneet tulot itselleen. Vuonna 1275 Amsterdam sai Hollannin kreiviltä oikeuden kuljettaa rahtia Amstel-joella ilman tulleja, ja sen seurauksena kyseisen joen kauppa monopolisoitui. Amsterdamin mahti kaupankäynnissä vain kasvoi, kun se pystyi viemään yhä useampaa tuotetta muualle Eurooppaan vapaasti, esimerkiksi olutta.[1]

Kauppa laajeni ja 1300- ja 1400-luvuilla kaupungin asukasluku kasvoi nopeasti. Se kuitenkin kärsi tuhoisista tulipaloista vuosina 1421 ja 1452, jotka hävittivät suuren osan kaupunkia. Sen seurauksena puurakentaminen kiellettiin ja ensisijaiseksi rakennusmateriaaliksi tuli tiili. 1400-luvulla hallitsijasukujen väliset avioliitot johtivat siihen, että valtaan tuli maassa Espanjan Kaarle V, joka hallitsi myös Itävaltaa. Espanjan hallinta-aika oli erittäin julmaa. Tärkeänä kauppasatamana Amsterdam kuitenkin säästyi pahimmalta sorrolta ja väkivallalta. Sen väkiluku kolminkertaistui, kun sinne muutti pakolaisia muualta valtakunnasta, myös juutalaisia Portugalista. Jean Calvinin oppien juurruttua maahan Espanja alkoi kurittaa harhaoppisia. Damin aukiolla taas järjestettiin paavin vastaisia mielenosoituksia. Katoliset Espanjan johtajat kielsivät lopulta kalvinismin ja protestanttien vainoaminen jatkui. Vuonna 1578 amsterdamilaiset ryhtyivät kapinaan ja häätivät paavin kannattajat pois kaupungista. Katolisia kirkkoja hävitettiin ja katolisia käännytettiin protestanteiksi.[2]

 

Maalaus Amsterdamista vuonna 1538.

Espanjan vallan loputtua Amsterdamissa alkoivat paremmat ajat. Kaupankäynti laajentui jatkuvasti ja siitä seurannutta kukoistusaikaa kutsutaan Alankomaiden kulta-ajaksi. Amsterdamin elinkeinoelämän mahdollisuudet houkuttelivat kaupunkiin paljon uusia asukkaita. Vanha keskiaikainen kaupunki jäi liian pieneksi ja uusia kanavia alettiin rakentaa. 1600-luvulla kaupungin reunamille muodostui kolmen kanavan Kanavakehä (Grachtengordel), joka on vuodesta 2010 ollut Unescon maailmanperintöluettelossa. Kanavat Herengraht, Keizersgracht ja Prinsengracht rakentuivat täyteen toinen toistaan komeampia päätykolmiotaloja.[3] Vauraus johti myös taiteen ja luonnontieteen kehitykseen. Rembrandt, Frans Hals, Vermeer ja Paulus Potter vaikuttivat siihen aikaan, ja heidän työnsä olivat erittäin kysyttyjä vauraamman väestönosan keskuudessa.

1700-luvulla Amsterdamista tuli maailman suurin pankkikeskus, mutta kulta-aika oli loppumassa. Todellinen rappio alkoi Ison-Britannian tuhottua maan laivaston sodassa vuonna 1780. Myös Yhdistynyt Itä-Intian kauppakomppania (VOC) teki vararikon vuonna 1791. Neljä vuotta myöhemmin Napoleon valloitti maan ja se oli taas vieraan vallassa.

 

Prinsengrachtin kanava nähtynä Westerkerkin tornista.

1800-luvulla tilanne Amsterdamissa parani, kun Ranskan valta oli alkanut heiketä. Vuosisadan loppupuolella Amsterdamiin perustettiin suuria puistoja ja museoita, ja elintaso kohosi huomattavasti.

Alankomaat pysyi ensimmäisen maailmansodan puolueettomana. 1900-luvun alussa ponnistelut keskittyivät lähinnä maankuivaukseen, jolla pyrittiin lisäämään maataloutta ja elintilaa. Toisessa maailmansodassa maa kuitenkin vallattiin vuonna 1940 ja Amsterdamin juutalaisia vietiin keskitysleireihin, joista he eivät ikinä palanneet. Väestö alkoi nähdä nälkää, kun elintarvikkeiden ja polttoaineen jakelu lopetettiin. Maa vapautettiin vasta vuonna 1945.

Toisen maailmansodan jälkeen Amsterdamin suvaitsevaisuus houkutteli paljon hippejä ja muita vaihtoehtokulttuurien edustajia. Kun kaupungin vanhoja rakennuksia oltiin purkamassa, aiheutti tämä suuren vastalausemyrskyn. Näin ollen esimerkiksi Jordaanin alue säästyi. Sittemmin Amsterdamista on kehittynyt yksi maailman suosituimmista kaupunkimatkakohteista, johtuen varmasti historiallisesta keskustasta ja ainutlaatuisesta taidehistoriasta. Nykypäivänä amsterdamilaisten huolenaiheena on ilmaston lämpenemisestä johtuva vedenpinnan nousu, joka uhkaa nousta kriittiselle tasolle. Alankomaissa on tehtävä paljon töitä sen eteen.