Mentionné comme village de pêcheurs dès 769, plus tard vassal des Communes de Milan, il fut détruit par les milices de Côme en 1126. Il recueillit les réfugiés de l'île Comacina, qui connut un sort comparable en 1169 : village mis à sac, château rasé et église détruite.

Les quartiers des réfugiés prirent ainsi le nom d’Insula nova, nom qui peut recouvrir l'enceinte du château, qui devint bientôt l'un des plus opulents du lac de Côme.

Il y a encore quelques années, on célébrait ainsi les exilés de Côme et leur accueil à Varenna, le samedi et le dimanche de la semaine de la Saint-Jean, le 24 juin : le lac était illuminé par des milliers de lampions (lumaghitti), mis à flot et abandonnés au lac pour évoquer les âmes des réfugiés fuyant leur village en proie aux flammes pour gagner l'autre rive.

Les célèbres Maestri comacini sont des descendants de ces réfugiés.

Quoiqu'elle dépende de l'archidiocèse de Milan, Varenna est de rite romain ambrosien.