Der Ortsname wird erstmals 493 in der Stadtgeschichte von Mailand genannt. Der Diakon Grato von Monza erwähnte das Fischerdorf in einer Urkunde von 769.

Er war einst mit Mailand verbündet und wurde 1126 von dessen Kriegsgegner Como zerstört. 1169 gewährte es den Überlebenden der Insel Comacina Asyl, die samt Burg und Kirchen von Como zerstört wurde. Dem Quartier, wo sie sich niederließen, gaben sie den Namen Insula nova. Er wurde zum zweiten Namen der ganzen Gemeinde, die bald zur reichsten des Comersees wurde. Der Exodus der Comaciner und die Hilfsbereitschaft der Varennesi werden jährlich am Tag des heiligen Johannes gefeiert. Die bekannten Handwerksmeister von Comacina sind die Nachfahren dieser Flüchtlinge.

Als Teil der Erzdiözese Mailand, wird in Varenna neben dem römischen Ritus der ambrosianische verwendet.